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- PDB-3bhd: Crystal structure of human thiamine triphosphatase (THTPA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhd
タイトルCrystal structure of human thiamine triphosphatase (THTPA)
要素Thiamine triphosphataseThiamine-triphosphatase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics Consortium / Phosphatase (ホスファターゼ) / CYTH domain / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-triphosphatase / thiamine diphosphate metabolic process / thiamine triphosphate phosphatase activity / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine metabolic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / 脱リン酸化 / generation of precursor metabolites and energy / hydrolase activity / magnesium ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Thiamine triphosphatase, eukaryotes / Thiamine-triphosphatase / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Thiamine-triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Busam, R.D. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. ...Busam, R.D. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Herman, M.D. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Berglund, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Thiamine Triphosphatase.
著者: Busam, R.D. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Herman, M.D. / ...著者: Busam, R.D. / Lehtio, L. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Herman, M.D. / Johansson, A. / Johansson, I. / Kallas, A. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Berglund, H.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine triphosphatase
B: Thiamine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,32414
ポリマ－52,0982
非ポリマー1,22712
水4,053225
1
A: Thiamine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4085
ポリマ－26,0491
非ポリマー3594
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiamine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9179
ポリマ－26,0491
非ポリマー8688
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.770, 46.810, 71.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiamine triphosphatase / Thiamine-triphosphatase / ThTPase


分子量: 26048.801 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-215 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THTPA / プラスミド: Pnic-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) GOLD pRARE / 参照: UniProt: Q9BU02, thiamine-triphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 237分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.793 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.396 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 50mM Citric acid, 0.2M Ammonium sulfate, 3mM Sodium tungstenate, 10mg/ml Protein, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月13日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 115663 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.51 % / Biso Wilson estimate: 20.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.79
反射 シェル解像度: 1.5→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ProDCデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.756 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20117 2983 5.1 %RANDOM
Rwork0.17648 ---
obs0.17774 59035 99.5 %-
all-59035 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.948 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3261 0 77 225 3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223556
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6052.0044851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.09323.797158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.26915599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6141530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.8840.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.941.52185
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63923536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69131414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2174.51315
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 190 -
Rwork0.204 4048 -
obs--98.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59020.08690.24281.27770.31581.0556-0.03230.0834-0.0193-0.03620.0567-0.09480.03020.1194-0.0244-0.04660.00720.02790.0270.0108-0.00174.69611.83617.966
20.3449-0.2638-0.47920.46891.37924.50430.15660.00430.03580.01340.1352-0.1650.02880.2851-0.29180.01010.0420.02360.0267-0.03640.02874.491-0.06710.289
30.374-0.2-0.25510.5770.43431.0343-0.0341-0.0119-0.0425-0.0836-0.0161-0.00460.01780.0520.0502-0.01380.00870.00370.0245-0.00530.0055-3.6127.90412.342
411.1198-0.5912-4.0148.4946-4.216414.92910.35320.49170.7252-0.0442-0.3706-0.2576-0.60650.15260.0174-0.0488-0.0177-0.02290.05160.0550.1119-12.98522.31620.202
50.1515-0.26020.18660.4749-0.17361.00130.0044-0.0093-0.0251-0.0360.010.0171-0.0454-0.0202-0.0144-0.0326-0.0080.0130.0125-0.00070.0077-2.3348.48949.911
60.4948-0.41050.11420.79920.00540.36340.0194-0.01580.0061-0.0251-0.02080.0678-0.0260.00020.0014-0.0185-0.0056-0.00020.0092-0.0030.0102-6.12811.48348.067
70.2931-0.10250.37390.962-0.00630.4937-0.03510.00340.00160.092-0.0256-0.03230.06530.03640.0607-0.02710.00310.0040.00060.00340.00612.7065.57758.367
820.7865-1.325512.301419.329911.870324.0291-1.07340.16561.4363-0.19310.4927-0.5237-0.91470.60130.5807-0.0289-0.0575-0.03720.10530.04590.067511.99116.87440.747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2A129 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3A161 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4A208 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6B82 - 157
7X-RAY DIFFRACTION7B158 - 199
8X-RAY DIFFRACTION8B200 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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