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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bee | ||||||
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タイトル | Crystal structure of putative YfrE protein from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
![]() | Putative YfrE protein | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of putative YfrE protein from Vibrio parahaemolyticus. 著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10568.690 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 146-235 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Vibrio parahaemolyticus ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 14481 / Num. obs: 14459 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 55.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 7.11 / Num. unique all: 1411 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.329 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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