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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3be0 | ||||||
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タイトル | The Role of Asn 242 in P450cin | ||||||
要素 | P450cin1,8-Cineole 2-endo-monooxygenase | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Protein substrate complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,8-cineole 2-endo-monooxygenase / carbazole catabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Citrobacter braakii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Meharenna, Y.T. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: The critical role of substrate-protein hydrogen bonding in the control of regioselective hydroxylation in p450cin 著者: Meharenna, Y.T. / Slessor, K.E. / Cavaignac, S.M. / Poulos, T.L. / De Voss, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3be0.cif.gz | 172.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3be0.ent.gz | 135.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3be0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3be0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/3be0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44613.660 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-404 / 変異: N242A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Citrobacter braakii (バクテリア) 遺伝子: cinA / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a / 参照: UniProt: Q8VQF6 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.8M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 17982 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148 |
反射 シェル | 解像度: 3.05→3.1 Å / 冗長度: 6.1 % / % possible all: 91.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1T2B 解像度: 3.05→47.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1564056.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3266 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→47.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.05→3.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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