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- PDB-3bcc: STIGMATELLIN AND ANTIMYCIN BOUND CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM CHICKEN -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcc
タイトルSTIGMATELLIN AND ANTIMYCIN BOUND CYTOCHROME BC1 COMPLEX FROM CHICKEN
要素(UBIQUINOL CYTOCHROME C ...) x 10
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / UBIQUINONE (ユビキノン) / REDOX ENZYME / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / RESPIRATORY CHAIN (電子伝達系) / STIGMATELLIN / ANTIMYCIN (アンチマイシン) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...Respiratory electron transport / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal ...Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 3-layer Sandwich / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アンチマイシン / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial ...アンチマイシン / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / MOLECULAR REPLACEMENT USING NATIVE STRUCTURE SOLVED BY THE SAME AUTHOR / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.-I. / Kim, K.K. / Hung, L.-W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.-H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Electron transfer by domain movement in cytochrome bc1.
著者: Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
履歴
登録1998年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年5月28日Group: Other
改定 1.42018年4月25日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
改定 1.52023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
B: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
C: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
D: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
E: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
F: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
G: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
H: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
I: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
J: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,99016
ポリマ－228,94810
非ポリマー3,0436
水0
1
A: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
B: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
C: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
D: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
E: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
F: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
G: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
H: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
I: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
J: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子

A: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
B: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
C: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
D: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
E: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
F: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
G: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
H: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
I: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
J: UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,98132
ポリマ－457,89620
非ポリマー6,08512
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)173.180, 179.730, 238.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-0.8231, -0.567885, 0.003686), (-0.567882, 0.823108, 0.001808), (-0.004061, -0.000605, -0.999992)129.585, 40.2988, 170.1276

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要素

-
UBIQUINOL CYTOCHROME C ... , 10種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 49795.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 45091.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 42622.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P18946, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 27357.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00125, quinol-cytochrome-c reductase
#5: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 21739.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13272, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 13400.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00129, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 9715.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 9223.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質・ペプチド UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 2826.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ)
細胞内の位置: MITOCHONDRIAL INNER MEMBRANEミトコンドリア内膜
器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 UBIQUINOL CYTOCHROME C OXIDOREDUCTASE


分子量: 7175.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ISOLATED FROM HEART MUSCLE TISSUE / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 器官: HEART心臓 / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P00130

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非ポリマー , 4種, 6分子

#11: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#12: 化合物 ChemComp-SIG / STIGMATELLIN / Stigmatellin


分子量: 482.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O5 / コメント: 阻害剤*YM
#13: 化合物 ChemComp-AMY / ANTIMYCIN / アンチマイシン


分子量: 534.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H38N2O9
#14: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.8 %
結晶化pH: 6.7
詳細: 20MM KMES PH6.7, 75MM NACL, 10% GLYCEROL, AND 6% PEG4000, INHIBITOR WAS ADDED FROM ETHANOLIC SOLUTION
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
160 mMKMES1droppH6.7
28 %PEG40001drop
320 mMK-MOPS 7.51drop
420 g/ln-octyl-beta-D-glucopyranoside1drop
587.5 mM1dropNaCl
610 %glycerol1drop
730 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 80888 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.84 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 1.38 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 75.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TFFCモデル構築
CNS0.1精密化
TFFC位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT USING NATIVE STRUCTURE SOLVED BY THE SAME AUTHOR
開始モデル: PDB ENTRY 1BCC

1bcc


解像度: 3.7→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6756288.59 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 3559 5 %RANDOM
Rwork0.289 ---
obs0.289 71026 91.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.201 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.835 Å20 Å20 Å2
2--19.125 Å20 Å2
3---13.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.82 Å0.65 Å
Luzzati d res low-12 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15439 0 206 0 15645
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINS
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 550 4.7 %
Rwork0.336 11135 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAMTOPH19.RCV
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.RCVFES.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM19X.HEMEHETERO.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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