+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3b8o | ||||||
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Title | Structure of WzzE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase | ||||||
Components | Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / WZZ / WzzE / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / Inner membrane / Lipopolysaccharide biosynthesis / Membrane / Transmembrane / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information enterobacterial common antigen biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length Authors: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3b8o.cif.gz | 362.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3b8o.ent.gz | 308.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3b8o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLU / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 55 - 319 / Label seq-ID: 1 - 265
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 30913.971 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: Periplasmic domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: O157:H7 / Gene: wzzE, wzz / Plasmid: pGEX-4T1 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P0AG01 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / pH: 7 Details: PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 298K, pH 7.00 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 117899 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / % possible all: 78.8 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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