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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b29 | ||||||
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タイトル | Human leukotriene C4 synthase in complex with dodecyl-beta-D-selenomaltoside | ||||||
要素 | Leukotriene C4 synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / membrane protein (膜タンパク質) / helix bundle (ヘリックスバンドル) / homo trimer / mGST / MAPEG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Synthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / 核膜 / 核膜 / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Saino, H. / Ago, H. / Miyano, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Seleno-detergent MAD phasing of leukotriene C4 synthase in complex with dodecyl-beta-D-selenomaltoside 著者: Saino, H. / Ago, H. / Ukita, Y. / Miyano, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b29.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b29.ent.gz | 31.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/3b29 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17411.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTC4S / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GSH / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#4: 糖 | ChemComp-LSM / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES-NaOH, 1.6M ammonium sulfate, 0.4M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97909, 0.97938, 0.97600, 0.98300 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月7日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.2→26.6 Å / Num. obs: 6018 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.125 | |||||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 22 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Num. unique all: 6018 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.2→25.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 10.637 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.642 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→25.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.202→3.573 Å / Total num. of bins used: 5
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