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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aky | ||||||
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タイトル | STABILITY, ACTIVITY AND STRUCTURE OF ADENYLATE KINASE MUTANTS | ||||||
要素 | ADENYLATE KINASE | ||||||
キーワード | ADENYLATE KINASE / ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / MYOKINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication initiation / ATP metabolic process / ミトコンドリア / リン酸化 ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleotide metabolic process / DNA replication initiation / ATP metabolic process / ミトコンドリア / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.23 Å | ||||||
データ登録者 | Abele, U. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995 タイトル: Stability, activity and structure of adenylate kinase mutants. 著者: Spuergin, P. / Abele, U. / Schulz, G.E. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: High-Resolution Structures of Adenylate Kinase from Yeast Ligated with Inhibitor Ap5A, Showing the Pathway of Phosphoryl Transfer 著者: Abele, U. / Schulz, G.E. #2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1987 タイトル: The C-DNA Sequence Encoding Cytosolic Adenylate Kinase from Baker'S Yeast (Saccharomyces Cerevisiae) 著者: Proba, K. / Tomasselli, A.G. / Nielsen, P. / Schulz, G.E. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of the Complex of Yeast Adenylate Kinase with the Inhibitor Ap5A at 2.6 Angstroms Resolution 著者: Egner, U. / Tomasselli, A.G. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986 タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Adenylate Kinase from Baker'S Yeast 著者: Tomasselli, A.G. / Mast, E. / Janes, W. / Schiltz, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aky.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aky.ent.gz | 53.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aky.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/3aky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/3aky | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 92 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24102.533 Da / 分子数: 1 / 変異: I213F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: PUAKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07170, adenylate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-AP5 / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 Å |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.23 Å / Num. obs: 10242 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Rmerge(I) obs: 0.041 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.23→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.23→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |