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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aks | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of xylanase from Trichoderma longibrachiatum | |||||||||
要素 | xylanaseキシラナーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / xylanase (キシラナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Trichoderma longibrachiatum (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 0.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Kunishima, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011 タイトル: Packing Space Expansion of Protein Crystallization Screening with Synthetic Zeolite as a Heteroepitaxic Nucleant 著者: Sugahara, M. / Kageyama-Morikawa, Y. / Kunishima, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aks.cif.gz | 52.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aks.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/3aks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/3aks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20838.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma longibrachiatum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8W669*PLUS, キシラナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THERE IS NO DATABASE REFERENCE SEQUENCE AT PROCESSING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: oil microbatch / pH: 8.7 詳細: 4M sodium formate, pH 8.7, oil microbatch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.8 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.97→40 Å / Num. all: 94660 / Num. obs: 94660 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 5.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 0.97→1 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 8939 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 0.97→21.92 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→21.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 0.97→1 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
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