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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ad9 | ||||||
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タイトル | Heterotetrameric Sarcosine Oxidase from Corynebacterium sp. U-96 sarcosine-reduced form | ||||||
要素 | (SARCOSINE OXIDASE ...サルコシンオキシダーゼ) x 4 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Sarcosine Oxidase (サルコシンオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sarcosine oxidase (5,10-methylenetetrahydrofolate-forming) / sarcosine catabolic process / sarcosine oxidase activity / tetrahydrofolate metabolic process / nucleotide binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Suzuki, H. / Moriguchi, T. / Ida, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2010 タイトル: Channeling and conformational changes in the heterotetrameric sarcosine oxidase from Corynebacterium sp. U-96. 著者: Moriguchi, T. / Ida, K. / Hikima, T. / Ueno, G. / Yamamoto, M. / Suzuki, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ad9.cif.gz | 352.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ad9.ent.gz | 277.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ad9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/3ad9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/3ad9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-SARCOSINE OXIDASE ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 102850.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア) 遺伝子: soxA / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LF0 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44048.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア) 遺伝子: soxB / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q50LF2, sarcosine oxidase (formaldehyde-forming) |
#3: タンパク質 | 分子量: 21427.186 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 11-205 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア) 遺伝子: soxG / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LE9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 11445.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium sp. U-96 (バクテリア) 遺伝子: soxD / プラスミド: PET31B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50LF1 |
-非ポリマー , 6種, 918分子
#5: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||||
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#6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-FAD / | #8: 化合物 | ChemComp-FMN / | #9: 化合物 | ChemComp-ZN / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M TRIS-HCL, 1.9M AMMONIUM SULFATE, 10MM CUSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→65.51 Å / Num. obs: 101117 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1X31 解像度: 2.3→61.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.836 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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