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- PDB-3a02: Crystal structure of Aristaless homeodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3a02
タイトルCrystal structure of Aristaless homeodomain
要素Homeobox protein aristalessホメオボックス
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / HOMEODOMAIN (ホメオボックス) / Developmental protein (ヒトの発達) / DNA-binding / Homeobox (ホメオボックス) / Nucleus (Nucleus)
機能・相同性
機能・相同性情報


elongation of arista core / leg disc development / antennal morphogenesis / imaginal disc-derived leg morphogenesis / chaeta development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 細胞核
類似検索 - 分子機能
OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain ...OAR domain / OAR motif / OAR domain profile. / ヘリックスターンヘリックス / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Homeobox protein aristaless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Miyazono, K. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2010
タイトル: Cooperative DNA-binding and sequence-recognition mechanism of aristaless and clawless
著者: Miyazono, K. / Zhi, Y. / Takamura, Y. / Nagata, K. / Saigo, K. / Kojima, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein aristaless
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4493
ポリマ-7,3011
非ポリマー1482
1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.810, 45.810, 48.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Homeobox protein aristaless / ホメオボックス


分子量: 7301.347 Da / 分子数: 1 / 断片: Homeobox, residues 91-146 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: al, CG3935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06453
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 30% PEG 400, 0.1M Cadmium chloride, 0.1M Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1→39.67 Å / Num. obs: 32230 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 9.186 Å2 / Rmerge F obs: 0.057 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 18.23 / Num. measured all: 327246
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1-1.030.2690.455.823071234423400.4899.8
1.03-1.050.2050.3457.223104233123310.36100
1.05-1.080.1610.2728.722458225822580.29100
1.08-1.120.1240.21210.622352221422140.22100
1.12-1.150.0960.16512.921392210521050.17100
1.15-1.20.0790.14514.420935205020500.15100
1.2-1.240.0740.13215.420641200420040.14100
1.24-1.290.0650.12316.719793191419140.13100
1.29-1.350.0510.1081919225184418440.11100
1.35-1.410.0450.0962118213174817480.1100
1.41-1.490.040.08523.117733169116910.09100
1.49-1.580.0350.07825.316876160416040.08100
1.58-1.690.0290.07127.515823149914990.07100
1.69-1.830.0260.06828.914774140414030.0799.9
1.83-20.0240.06430.513715130113010.07100
2-2.240.0240.0623212270118011800.06100
2.24-2.580.0240.06232.610557105210410.0799
2.58-3.160.0240.06431.682478928690.0797.4
3.16-4.470.0280.06328.142797175730.0779.9
4.470.0280.06626.217884192610.0762.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJL
解像度: 1→13.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 0.357 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.025 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18436 1633 5.1 %RANDOM
Rwork0.17219 30595 --
obs0.17279 32228 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.85 Å2 / Biso mean: 10.254 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20.1 Å20 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→13.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数431 0 2 99 532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.022444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.92597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.39322.17423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1981583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.137155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.02331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.771.5254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5952411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9413190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9614.5186
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 125 -
Rwork0.194 2213 -
all-2338 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.12661.2876-1.04915.20731.522312.7429-0.4326-0.0940.5634-0.66830.30670.6483-0.2748-0.1840.1260.0957-0.0315-0.09310.02910.0290.108730.54324.6270.396
21.184-0.37971.0510.146-0.26441.23690.01860.0237-0.01160.0097-0.00080.00050.02620.0305-0.01780.0718-0.0305-0.00080.03520.00180.027832.21818.487-0.19
32.4728-1.787-0.75841.31590.31582.89-0.00250.0868-0.04270.0003-0.05480.02140.0552-0.03240.05740.0385-0.0184-0.00680.0307-0.00880.052630.14311.1230.07
40.3775-1.04770.59834.47310.62354.34920.1611-0.04780.0321-0.30750.066-0.26420.4257-0.1239-0.22710.15-0.07610.02290.0563-0.01930.033330.0466.5895.785
55.32233.00280.29964.77160.13120.24450.0086-0.0893-0.1366-0.0420.0076-0.16550.0889-0.0116-0.01610.0417-0.0151-0.00660.036-0.0110.034936.99611.87112.006
63.85492.8841-3.953610.2672-5.32164.7545-0.25010.15280.0287-0.17960.2268-0.21140.244-0.19230.02320.0335-0.02380.0090.0528-0.00640.03239.58417.8516.609
71.29980.7164-1.99770.7702-0.66733.84820.0160.05410.0434-0.01140.0363-0.0173-0.0662-0.1687-0.05230.0302-0.0112-0.00980.0572-0.00050.038134.47821.1959.899
81.87481.05621.19641.254-0.04171.5481-0.06920.07530.0038-0.00970.0544-0.0071-0.06290.02590.01480.0305-0.012-0.00630.0496-0.00050.033726.95416.0069.748
90.3791-0.6760.56391.2215-0.83683.19330.0244-0.0098-0.0234-0.03840.00030.04770.1452-0.1207-0.02470.0375-0.0243-0.00920.0544-0.00070.03320.1099.7485.867
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A91 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3A101 - 105
4X-RAY DIFFRACTION4A106 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5A111 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6A117 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7A122 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8A128 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9A136 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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