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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2znm | ||||||
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タイトル | Oxidoreductase NmDsbA3 from Neisseria meningitidis | ||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thioredoxin fold / DsbA-like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Vivian, J.P. / Scoullar, J. / Robertson, A.L. / Bottomley, S.P. / Horne, J. / Chin, Y. / Velkov, T. / Wielens, J. / Thompson, P.E. / Piek, S. ...Vivian, J.P. / Scoullar, J. / Robertson, A.L. / Bottomley, S.P. / Horne, J. / Chin, Y. / Velkov, T. / Wielens, J. / Thompson, P.E. / Piek, S. / Byres, E. / Beddoe, T. / Wilce, M.C.J. / Kahler, C. / Rossjohn, J. / Scanlon, M.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural and Biochemical Characterization of the Oxidoreductase NmDsbA3 from Neisseria meningitidis 著者: Vivian, J.P. / Scoullar, J. / Robertson, A.L. / Bottomley, S.P. / Horne, J. / Chin, Y. / Wielens, J. / Thompson, P.E. / Velkov, T. / Piek, S. / Byres, E. / Beddoe, T. / Wilce, M.C. / Kahler, ...著者: Vivian, J.P. / Scoullar, J. / Robertson, A.L. / Bottomley, S.P. / Horne, J. / Chin, Y. / Wielens, J. / Thompson, P.E. / Velkov, T. / Piek, S. / Byres, E. / Beddoe, T. / Wilce, M.C. / Kahler, C.M. / Rossjohn, J. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2znm.cif.gz | 149.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2znm.ent.gz | 125.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2znm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/2znm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zn/2znm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22176.006 Da / 分子数: 4 / 断片: DsbA3, UNP residues 20-214 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) 株: serogroup B / 遺伝子: dsbA-3, NMB0407 / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9K0Z4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.9 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG4000, 0.1M Tris, pH8.0, 0.2M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97939 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97939 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 34110 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 43.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 19.039 / SU ML: 0.231 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.626 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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