PDB-2zmf: Crystal structure of the C-terminal GAF domain of human phosphodi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2zmf

タイトル

Crystal structure of the C-terminal GAF domain of human phosphodiesterase 10A

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE / GAF domain / phosphodiesterase / cAMP / cGMP / cGMP-binding / Nucleotide-binding / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Handa, N. / Kishishita, S. / Mizohata, E. / Omori, K. / Kotera, J. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the GAF-B Domain from Human Phosphodiesterase 10A Complexed with Its Ligand, cAMP
著者: Handa, N. / Mizohata, E. / Kishishita, S. / Toyama, M. / Morita, S. / Uchikubo-Kamo, T. / Akasaka, R. / Omori, K. / Kotera, J. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2008年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2008年4月29日	ID: 2E4S
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2zmf.cif.gz	84.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2zmf.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2zmf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2zmf_validation.pdf.gz	989.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2zmf_full_validation.pdf.gz	996.6 KB	表示
XML形式データ	2zmf_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	2zmf_validation.cif.gz	24.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/2zmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/2zmf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cpc-1 4pcb-2 3ot9-2 3un2-3 6dwu-20 4goj-2 3ne4-d 4lre-2 209 3ec1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (15) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

43.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.506, 74.506, 146.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 21476.734 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal GAF domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PX060608-01 / 発現宿主: cell free (Escherichia coli) 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP 分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Ammonium sulfate, PEG, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.9790, 0.9793, 0.9640

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9793	1
3	0.964	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28345 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.882 % / B_iso Wilson estimate: 22.7 Å² / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 21.1476

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.223 / R_sym value: 0.351 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→48.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 3.815 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22529	1431	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19859	-	-	-
obs	0.1999	26868	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	0.49 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2780	0	44	168	2992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.973	3907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.249	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.209	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.94	1.5	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.697	2	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.108	3	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.403	4.5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.238	102
R_work	0.199	1923

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	20.6973	-22.0255	23.7912	24.0296	-9.8026	10.9577	-0.7837	-0.262	0.9548	1.4944	-0.3002	-1.3532	0.0988	0.5576	1.0838	0.2981	-0.1133	0.0299	0.3624	0.0775	0.1912	2.1225	28.9513	75.4072
2	3.4728	-0.37	-1.6976	2.0082	1.0642	2.8765	0.1875	0.0268	0.7017	0.2098	0.0721	0.0516	-0.4364	-0.1661	-0.2596	0.148	0.0395	0.1047	0.1654	0.0811	0.243	-0.4367	32.2624	58.3823
3	6.0929	0.0994	-2.7243	2.574	-1.3509	7.0484	0.0973	0.3221	0.717	0.056	0.1679	-0.1493	-0.4969	-0.0039	-0.2652	0.0054	0.0246	0.0052	0.2101	0.1042	0.2045	2.6718	28.4496	50.7999
4	4.6804	-0.6134	-1.7235	0.8302	0.3209	2.0532	-0.1302	-0.0705	0.0062	0.0096	0.1683	0.0171	0.0963	-0.042	-0.0381	0.1644	0.0039	0.0156	0.2201	0.0556	0.2006	0.0704	22.9659	55.8331
5	0.6766	0.4211	-0.0251	0.2041	-1.317	4.1827	-0.075	0.0959	0.0935	0.0391	0.0836	0.1245	-0.1704	-0.2256	-0.0087	0.1501	-0.0012	-0.012	0.2337	0.0592	0.2194	-20.4716	21.4152	71.8399
6	8.4191	-0.8003	-5.1293	8.7094	2.3654	16.7521	-0.4457	1.4745	-0.0702	-1.4401	-0.0157	0.5506	0.6925	-0.3522	0.4614	0.3446	-0.0798	-0.1698	0.3326	0.0471	0.2498	-26.8095	14.2856	72.6663
7	1.9096	-0.0777	0.7081	1.4154	-1.089	3.2221	0.0771	0.1494	0.0931	0.0144	-0.1485	-0.032	-0.2016	0.2477	0.0714	0.1175	-0.0068	0.0134	0.1824	0.0349	0.1384	-13.7903	18.6187	84.7103
8	39.3175	-24.3766	5.2722	41.7387	-1.6668	30.6026	0.5788	-0.6907	1.2083	-0.6628	-0.1882	1.2954	-1.5431	-1.1873	-0.3906	0.2674	0.0765	0.0146	0.2947	-0.0449	0.2964	-24.6336	35.6076	73.2511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	246 - 255	8 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	256 - 307	18 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	308 - 341	70 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	342 - 422	104 - 184
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	248 - 307	10 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	308 - 322	70 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	323 - 411	85 - 173
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	412 - 419	174 - 181

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