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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2zi3 | ||||||
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タイトル | C4S-E247A dCK variant of dCK in complex with D-dA+ADP | ||||||
要素 | Deoxycytidine kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / dCK / purine (プリン (化学)) / deoxyadenosine (デオキシアデノシン) / deoxycytidine kinase / nucleoside (ヌクレオシド) / enantiomer (光学異性体) / D-dA / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / リン酸化 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Rigid body refinement / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sabini, E. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural basis for substrate promiscuity of dCK 著者: Sabini, E. / Hazra, S. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2zi3.cif.gz | 113.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2zi3.ent.gz | 87.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2zi3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/2zi3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32514.475 Da / 分子数: 2 / 変異: C9S, C45S, C59S, C146S, E247A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 1.0M Sodium Citrate, 100mM Hepes, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月2日 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 23174 / Num. obs: 23174 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 8.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.545 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 23174 / % possible all: 81.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Rigid body refinement / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 10.623 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.798 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.299→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /
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