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万見
- PDB-2zi0: Crystal structure of Tav2b/siRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zi0
タイトルCrystal structure of Tav2b/siRNA complex
要素
  • Protein 2b
  • RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
キーワードGENE REGULATION/RNA / RNAi suppression / Nucleus (Nucleus) / Suppressor of RNA silencing / GENE REGULATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3800 / Cucumovirus protein 2B / Cucumovirus protein 2B / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Suppressor of silencing 2b
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato aspermy virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Chen, H.-Y.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for RNA-silencing suppression by Tomato aspermy virus protein 2b
著者: Chen, H.-Y. / Yang, J. / Lin, C. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2008年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein 2b
B: Protein 2b
C: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5864
ポリマ－31,5864
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
2
A: Protein 2b
B: Protein 2b
C: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')

A: Protein 2b
B: Protein 2b
C: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')
D: RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1728
ポリマ－63,1728
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area18380 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.455, 122.043, 28.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Protein 2b / Tav2b


分子量: 9140.991 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-69 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tomato aspermy virus (ウイルス) / 遺伝子: RNA4A / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UYT3
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(P*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*UP*UP*AP*UP*GP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*U)-3') / siRNA


分子量: 6651.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 1500, 1.0M Ammonium formate, 100mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2Ammonium formate11
3PEG11
4HOH11
5MES12
6Ammonium formate12
7PEG12
8HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9794, 0.9790
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.9791
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 7336 / Num. obs: 7336 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.44 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.82→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 27.231 / SU ML: 0.265 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 3.944 / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27599 353 4.6 %RANDOM
Rwork0.2137 ---
obs0.21648 7336 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.84 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→49.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 810 0 18 1821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5272.4852738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9815113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59322.20359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.1115228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9691518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2718
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2820.21250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.340.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.971.5599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3642925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14731698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9164.51813
LS精密化 シェル解像度: 2.818→2.891 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 14 -
Rwork0.281 473 -
obs--93.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.3926 Å / Origin y: -77.5938 Å / Origin z: -11.7571 Å
111213212223313233
T-0.0411 Å20.0074 Å2-0.0114 Å2--0.0703 Å2-0.0216 Å2---0.0589 Å2
L1.428 °2-0.2619 °2-0.4154 °2-1.7047 °2-0.441 °2--1.2975 °2
S-0.1038 Å °-0.1022 Å °0.2437 Å °0.0441 Å °0.0847 Å °-0.1021 Å °-0.2067 Å °0.0717 Å °0.0191 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC7 - 587 - 58
2X-RAY DIFFRACTION1BD7 - 587 - 58
3X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 191 - 19
4X-RAY DIFFRACTION1DB1 - 191 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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