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万見
- PDB-2ze3: Crystal Structure of DFA0005 Complexed with alpha-Ketoglutarate: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ze3
タイトルCrystal Structure of DFA0005 Complexed with alpha-Ketoglutarate: A Novel Member of the ICL/PEPM Superfamily from Alkali-tolerant Deinococcus ficus
要素DFA0005
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Deinococcus ficus / organic waste left-over decomposition / alkaliphilic (好アルカリ菌) / ICL/PEPM superfamily / alpha-ketoglutarate ligand
機能・相同性Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #510 / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 2-OXOGLUTARIC ACID
機能・相同性情報
生物種Deinococcus ficus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Liao, C.J. / Chin, K.H. / Chou, S.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of DFA0005 complexed with alpha-ketoglutarate: a novel member of the ICL/PEPM superfamily from alkali-tolerant Deinococcus ficus
著者: Liao, C.J. / Chin, K.H. / Lin, C.H. / Tsai, P.S. / Lyu, P.C. / Young, C.C. / Wang, A.H. / Chou, S.H.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DFA0005
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4202
ポリマ－29,2741
非ポリマー1461
水4,558253
1
A: DFA0005
ヘテロ分子

A: DFA0005
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8404
ポリマ－58,5482
非ポリマー2922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area6250 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.840, 108.840, 114.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-366-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DFA0005


分子量: 29273.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Deinococcus ficus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月25日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 189632 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→18.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 223849.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 8686 9.6 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 90686 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.5821 Å2 / ksol: 0.399115 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20.19 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---4.21 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2061 0 10 253 2324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.73
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.941.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.872.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1509 10 %
Rwork0.242 13545 -
obs--99.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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