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- PDB-2ypy: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, decameric ring: monoclinic c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ypy
タイトルKSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, decameric ring: monoclinic crystal form
要素ORF 73
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN N (ウイルス性) / LATENCY-ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 / DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / ORIGIN-BINDING DOMAIN / OLIGOMERIZATION DOMAIN (オリゴマー) / KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS / GAMMAHERPESVIRUS (ガンマヘルペスウイルス亜科) / RHADINOVIRUS / PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE / TUMOR VIRUS (腫瘍ウイルス) / CANCER (悪性腫瘍) / MURID HERPESVIRUS 4 / MUHV-4 / MURID HERPESVIRUS 68 / MHV-68
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Protein LANA1-like, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain / Epstein Barr virus nuclear antigen-1, DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.453 Å
データ登録者Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / : 2013
タイトル: A Structural Basis for Brd2/4-Mediated Host Chromatin Interaction and Oligomer Assembly of Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus and Murine Gammaherpesvirus Lana Proteins.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Richter, U. / Adler, H. / Fedorov, R. / Pietrek, M. / Ruckert, J. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.
履歴
登録2012年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.22017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF 73
B: ORF 73
C: ORF 73
D: ORF 73
E: ORF 73
F: ORF 73
G: ORF 73
H: ORF 73
I: ORF 73
J: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,45334
ポリマ-157,60210
非ポリマー85124
2,684149
1
G: ORF 73
H: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6275
ポリマ-31,5202
非ポリマー1063
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-67.9 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
2
C: ORF 73
D: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7338
ポリマ-31,5202
非ポリマー2136
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-90.6 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
3
A: ORF 73
B: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7338
ポリマ-31,5202
非ポリマー2136
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-79.3 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
4
E: ORF 73
F: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6987
ポリマ-31,5202
非ポリマー1775
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-71.7 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
5
I: ORF 73
J: ORF 73
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6626
ポリマ-31,5202
非ポリマー1424
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-53.3 kcal/mol
Surface area13240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.740, 175.920, 97.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.97087, 0.23744, -0.03226), (0.23829, 0.97086, -0.02556), (0.02525, -0.03251, -0.99915)-7.72194, 1.54154, 46.63824
2given(0.78962, -0.58409, -0.18799), (0.43692, 0.3201, 0.84062), (-0.43082, -0.7459, 0.50796)15.20937, -3.9693, 27.42522
3given(-0.90219, -0.37936, 0.20527), (-0.35558, 0.38475, -0.85178), (0.24416, -0.84146, -0.48201)-0.89931, 32.4483, 53.44727
4given(0.47051, -0.44991, -0.75908), (0.17101, -0.79744, 0.57865), (-0.86566, -0.40207, -0.29827)22.59273, 26.13844, 39.58228
5given(-0.54613, -0.29695, 0.7833), (-0.37103, -0.75259, -0.544), (0.75105, -0.58773, 0.30084)-18.18731, 50.25551, 32.55391
6given(0.49212, -0.02722, -0.8701), (-0.61518, -0.71807, -0.32547), (-0.61594, 0.69544, -0.37012)23.05519, 40.22154, 14.04392
7given(-0.49308, 0.13057, 0.86013), (0.42245, -0.82836, 0.36792), (0.76053, 0.54477, 0.35329)-22.50047, 28.23276, 2.79595
8given(0.74972, 0.42468, -0.5075), (-0.65123, 0.33726, -0.67982), (-0.11755, 0.84018, 0.52942)0.72756, 27.86555, -6.84326
9given(-0.61854, 0.61803, 0.48523), (0.71204, 0.17973, 0.67874), (0.33227, 0.76533, -0.55124)-28.99893, 2.81809, 20.41314

-
要素

#1: タンパク質
ORF 73 / KSHV LANA


分子量: 15760.201 Da / 分子数: 10 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1013-1149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
解説: DATA WERE PHASED THROUGH SELENO-SAD. STRUCTURE WAS THEN REFINED AGAINST A NATIVE DATA SET. INCOMPLETE HIGH- RESOLUTION DATA WERE INCLUDED. DATA SHOW REASONABLE COMPLETENESS UP TO 2.7 A.
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.5 UL OF 2.0 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 10 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 12 ...詳細: 1.5 UL OF 2.0 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 10 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 12 DEGREES CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000, 25 % (V/V) GLYCEROL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.07208, 0.97974
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.072081
20.979741
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 54311 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 51.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.24
反射 シェル解像度: 2.45→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 21.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.453→19.652 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 2762 5.1 %
Rwork0.2207 --
obs0.2224 54308 85.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.946 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3303 Å2-0 Å2-1.5344 Å2
2--2.0336 Å20 Å2
3----2.4059 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.453→19.652 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10819 0 24 149 10992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64515274
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1154286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4532-2.49540.4157160.3169513X-RAY DIFFRACTION17
2.4954-2.54070.3659580.32321060X-RAY DIFFRACTION36
2.5407-2.58950.4019900.34641518X-RAY DIFFRACTION50
2.5895-2.64220.34381090.34231895X-RAY DIFFRACTION65
2.6422-2.69950.35711090.34352240X-RAY DIFFRACTION74
2.6995-2.76220.32911280.32962525X-RAY DIFFRACTION84
2.7622-2.8310.35361600.33032818X-RAY DIFFRACTION95
2.831-2.90730.36871690.3382975X-RAY DIFFRACTION100
2.9073-2.99260.34451670.32232984X-RAY DIFFRACTION100
2.9926-3.08880.29671530.29073005X-RAY DIFFRACTION100
3.0888-3.19880.30321490.26883017X-RAY DIFFRACTION100
3.1988-3.32630.28221740.25232950X-RAY DIFFRACTION100
3.3263-3.47690.2781590.23423035X-RAY DIFFRACTION100
3.4769-3.65910.24231610.22463002X-RAY DIFFRACTION100
3.6591-3.88670.2471460.21592984X-RAY DIFFRACTION100
3.8867-4.18410.22091530.18952992X-RAY DIFFRACTION100
4.1841-4.60030.18821790.16512998X-RAY DIFFRACTION100
4.6003-5.25480.20831640.17023008X-RAY DIFFRACTION100
5.2548-6.5790.23081580.19953028X-RAY DIFFRACTION100
6.579-19.65250.20841600.15782999X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6945-1.30855.42111.8381-1.21764.5024-0.50230.41440.002-0.8470.1535-0.83980.47191.56430.18950.4340.11810.2921.0558-0.32380.880117.268368.540922.1111
22.3921-0.71290.48765.71880.06792.55590.1762-0.37490.4863-0.29490.3428-0.9330.90391.6068-0.25760.50760.1128-0.07361.1556-0.14050.854221.219661.046534.5707
33.8525-0.28360.046-0.00390.0011-0.02980.49490.2989-0.7888-0.432-0.0265-0.62520.17511.1824-0.2811.20290.4742-0.13361.0238-0.33811.484518.365448.864219.5263
42.63010.30720.52584.03342.00445.23890.294-0.3371-0.69280.1240.1316-0.45090.21960.254-0.28130.51470.1893-0.07610.3831-0.0080.43325.947763.259129.4511
51.66770.38180.05553.86610.43762.91590.5166-0.2094-1.02160.7237-0.4483-0.53770.81590.0142-0.07010.79470.3158-0.20360.54020.03380.74367.589156.887232.6206
63.39961.43510.65253.1961.81454.98210.4189-1.1764-0.9150.5776-0.55530.18940.67830.15440.05871.07170.155-0.35990.65150.3670.63035.840257.905137.0982
72.85731.37880.76916.05321.49524.4381-0.2840.4123-0.5785-0.51610.1252-0.57290.29570.99340.0415-0.70352.57531.6883-1.9692-2.5529-0.532610.396652.624514.6398
83.46752.9334.40373.40651.71998.8665-0.3236-0.24040.81220.0307-0.17320.674-0.5166-0.40470.34480.50920.23850.04220.5543-0.09780.503-8.863671.865222.4328
94.3122.11580.67716.08531.15992.8626-0.10590.39750.3373-0.52670.06580.855-0.4112-0.86320.0090.58650.1942-0.09980.5666-0.10990.3636-15.213864.97910.7123
105.39711.7972-0.4861.281.27732.98370.2336-0.6069-0.16280.2680.15520.3306-0.3388-0.574-0.25360.8811-0.01260.32060.80150.05350.6003-14.274553.113325.5645
115.68190.716-0.53412.73880.01853.65960.01110.05430.0214-0.18840.1722-0.10530.23930.1942-0.2010.37050.050.00250.209-0.10230.3131-3.3364.200814.3239
124.38620.1885-1.06573.9149-0.65944.32360.2137-0.0521-0.31940.0050.1064-0.87850.25030.9062-0.17360.50720.1207-0.01910.4101-0.19080.49537.309361.908117.3077
133.26590.00720.14131.23620.00794.1417-0.17450.4014-0.6363-0.32270.15050.11750.23440.03690.09210.7298-0.0288-0.0050.2434-0.14150.5401-6.029157.2136.4
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45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN H AND (RESSEQ 1014:1046)
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN H AND (RESSEQ 1047:1055)
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN H AND (RESSEQ 1056:1074)
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN H AND (RESSEQ 1075:1087)
49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN H AND (RESSEQ 1088:1099)
50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN H AND (RESSEQ 1100:1138)
51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN H AND (RESSEQ 1139:1147)
52X-RAY DIFFRACTION52CHAIN I AND (RESSEQ 1014:1074)
53X-RAY DIFFRACTION53CHAIN I AND (RESSEQ 1075:1147)
54X-RAY DIFFRACTION54CHAIN J AND (RESSEQ 1014:1031)
55X-RAY DIFFRACTION55CHAIN J AND (RESSEQ 1032:1099)
56X-RAY DIFFRACTION56CHAIN J AND (RESSEQ 1100:1147)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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