PDB-2ypy: KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, decameric ring: monoclinic c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ypy

タイトル

KSHV LANA (ORF73) C-terminal domain, decameric ring: monoclinic crystal form

要素

ORF 73

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

VIRAL PROTEIN N (ウイルス性) / LATENCY-ASSOCIATED NUCLEAR ANTIGEN / LANA-1 /

DNA-BINDING DOMAIN (DNA結合ドメイン) / ORIGIN-BINDING DOMAIN /

OLIGOMERIZATION DOMAIN (オリゴマー) /

KAPOSI'S SARCOMA-ASSOCIATED HERPESVIRUS /

GAMMAHERPESVIRUS (ガンマヘルペスウイルス亜科) /

RHADINOVIRUS /

PRIMARY EFFUSION LYMPHOMA / MULTICENTRIC CASTLEMAN'S DISEASE /

TUMOR VIRUS (腫瘍ウイルス) /

CANCER (悪性腫瘍) /

MURID HERPESVIRUS 4 / MUHV-4 /

MURID HERPESVIRUS 68 / MHV-68

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nucleus /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.453 Å

データ登録者

Hellert, J. / Krausze, J. / Luhrs, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2013
タイトル: A Structural Basis for Brd2/4-Mediated Host Chromatin Interaction and Oligomer Assembly of Kaposi Sarcoma-Associated Herpesvirus and Murine Gammaherpesvirus Lana Proteins.
著者: Hellert, J. / Weidner-Glunde, M. / Krausze, J. / Richter, U. / Adler, H. / Fedorov, R. / Pietrek, M. / Ruckert, J. / Ritter, C. / Schulz, T.F. / Luhrs, T.

履歴

登録	2012年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.2	2017年7月12日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2019年5月15日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ypy.cif.gz	558.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ypy.ent.gz	471.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ypy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/2ypy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/2ypy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ypzC 2yq0C 2yq1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	336 6r88-4 4j4b-2 2ypz-4 4wbl-d 4qd9-1 5twt-d 4k2j-6 4k2j-2 6hke-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ORF 73

B: ORF 73

C: ORF 73

D: ORF 73

E: ORF 73

F: ORF 73

G: ORF 73

H: ORF 73

I: ORF 73

J: ORF 73

ヘテロ分子

158 kDa, 10 ポリマー
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1

G: ORF 73

H: ORF 73

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ORF 73

D: ORF 73

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
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3

A: ORF 73

B: ORF 73

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
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4

E: ORF 73

F: ORF 73

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
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5

I: ORF 73

J: ORF 73

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.740, 175.920, 97.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.97087, 0.23744, -0.03226), (0.23829, 0.97086, -0.02556), (0.02525, -0.03251, -0.99915)	-7.72194, 1.54154, 46.63824
2	given	(0.78962, -0.58409, -0.18799), (0.43692, 0.3201, 0.84062), (-0.43082, -0.7459, 0.50796)	15.20937, -3.9693, 27.42522
3	given	(-0.90219, -0.37936, 0.20527), (-0.35558, 0.38475, -0.85178), (0.24416, -0.84146, -0.48201)	-0.89931, 32.4483, 53.44727
4	given	(0.47051, -0.44991, -0.75908), (0.17101, -0.79744, 0.57865), (-0.86566, -0.40207, -0.29827)	22.59273, 26.13844, 39.58228
5	given	(-0.54613, -0.29695, 0.7833), (-0.37103, -0.75259, -0.544), (0.75105, -0.58773, 0.30084)	-18.18731, 50.25551, 32.55391
6	given	(0.49212, -0.02722, -0.8701), (-0.61518, -0.71807, -0.32547), (-0.61594, 0.69544, -0.37012)	23.05519, 40.22154, 14.04392
7	given	(-0.49308, 0.13057, 0.86013), (0.42245, -0.82836, 0.36792), (0.76053, 0.54477, 0.35329)	-22.50047, 28.23276, 2.79595
8	given	(0.74972, 0.42468, -0.5075), (-0.65123, 0.33726, -0.67982), (-0.11755, 0.84018, 0.52942)	0.72756, 27.86555, -6.84326
9	given	(-0.61854, 0.61803, 0.48523), (0.71204, 0.17973, 0.67874), (0.33227, 0.76533, -0.55124)	-28.99893, 2.81809, 20.41314

#1: タンパク質	ORF 73 / KSHV LANA 分子量: 15760.201 Da / 分子数: 10 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1013-1149 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 8 TYPE M (ヘルペスウイルス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76SB0
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.24 % 解説: DATA WERE PHASED THROUGH SELENO-SAD. STRUCTURE WAS THEN REFINED AGAINST A NATIVE DATA SET. INCOMPLETE HIGH- RESOLUTION DATA WERE INCLUDED. DATA SHOW REASONABLE COMPLETENESS UP TO 2.7 A.
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.5 UL OF 2.0 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 10 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 12 ...詳細: 1.5 UL OF 2.0 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 10 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 12 DEGREES CENTIGRADE IN A HANGING DROP SETUP. CRYSTALS GREW IN A FEW DAYS AND WERE CRYO-PROTECTED BY SHORT SOAKING IN 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000, 25 % (V/V) GLYCEROL.

結晶

マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
解説: DATA WERE PHASED THROUGH SELENO-SAD. STRUCTURE WAS THEN REFINED AGAINST A NATIVE DATA SET. INCOMPLETE HIGH- RESOLUTION DATA WERE INCLUDED. DATA SHOW REASONABLE COMPLETENESS UP TO 2.7 A.

結晶化

温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.5 UL OF 2.0 MM PROTEIN IN 5 MM BISTRIS, PH 6.5, 10 MM DTT WERE ADDED TO 1.5 UL OF 0.1 M SODIUM BICINE, PH 9.0, 1.0 M LITHIUM CHLORIDE, 7 % (W/V) PEG 6000. THE MIXTURE WAS INCUBATED AT 12 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 1.07208, 0.97974

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.07208	1
2	0.97974	1

反射

解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 54311 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 51.04 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.24

反射シェル

解像度: 2.45→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 21.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.453→19.652 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2522	2762	5.1 %
R_work	0.2207	-	-
obs	0.2224	54308	85.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.946 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3303 Å²	-0 Å²	-1.5344 Å²
2-	-	2.0336 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.4059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.453→19.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10819	0	24	149	10992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	11249
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.645	15274
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.115	4286
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1507
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2002

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4532-2.4954	0.4157	16	0.3169	513	X-RAY DIFFRACTION	17
2.4954-2.5407	0.3659	58	0.3232	1060	X-RAY DIFFRACTION	36
2.5407-2.5895	0.4019	90	0.3464	1518	X-RAY DIFFRACTION	50
2.5895-2.6422	0.3438	109	0.3423	1895	X-RAY DIFFRACTION	65
2.6422-2.6995	0.3571	109	0.3435	2240	X-RAY DIFFRACTION	74
2.6995-2.7622	0.3291	128	0.3296	2525	X-RAY DIFFRACTION	84
2.7622-2.831	0.3536	160	0.3303	2818	X-RAY DIFFRACTION	95
2.831-2.9073	0.3687	169	0.338	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9073-2.9926	0.3445	167	0.3223	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9926-3.0888	0.2967	153	0.2907	3005	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0888-3.1988	0.3032	149	0.2688	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1988-3.3263	0.2822	174	0.2523	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3263-3.4769	0.278	159	0.2342	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4769-3.6591	0.2423	161	0.2246	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6591-3.8867	0.247	146	0.2159	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8867-4.1841	0.2209	153	0.1895	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1841-4.6003	0.1882	179	0.1651	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6003-5.2548	0.2083	164	0.1702	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2548-6.579	0.2308	158	0.1995	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
6.579-19.6525	0.2084	160	0.1578	2999	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6945	-1.3085	5.4211	1.8381	-1.2176	4.5024	-0.5023	0.4144	0.002	-0.847	0.1535	-0.8398	0.4719	1.5643	0.1895	0.434	0.1181	0.292	1.0558	-0.3238	0.8801	17.2683	68.5409	22.1111
2	2.3921	-0.7129	0.4876	5.7188	0.0679	2.5559	0.1762	-0.3749	0.4863	-0.2949	0.3428	-0.933	0.9039	1.6068	-0.2576	0.5076	0.1128	-0.0736	1.1556	-0.1405	0.8542	21.2196	61.0465	34.5707
3	3.8525	-0.2836	0.046	-0.0039	0.0011	-0.0298	0.4949	0.2989	-0.7888	-0.432	-0.0265	-0.6252	0.1751	1.1824	-0.281	1.2029	0.4742	-0.1336	1.0238	-0.3381	1.4845	18.3654	48.8642	19.5263
4	2.6301	0.3072	0.5258	4.0334	2.0044	5.2389	0.294	-0.3371	-0.6928	0.124	0.1316	-0.4509	0.2196	0.254	-0.2813	0.5147	0.1893	-0.0761	0.3831	-0.008	0.4332	5.9477	63.2591	29.4511
5	1.6677	0.3818	0.0555	3.8661	0.4376	2.9159	0.5166	-0.2094	-1.0216	0.7237	-0.4483	-0.5377	0.8159	0.0142	-0.0701	0.7947	0.3158	-0.2036	0.5402	0.0338	0.7436	7.5891	56.8872	32.6206
6	3.3996	1.4351	0.6525	3.196	1.8145	4.9821	0.4189	-1.1764	-0.915	0.5776	-0.5553	0.1894	0.6783	0.1544	0.0587	1.0717	0.155	-0.3599	0.6515	0.367	0.6303	5.8402	57.9051	37.0982
7	2.8573	1.3788	0.7691	6.0532	1.4952	4.4381	-0.284	0.4123	-0.5785	-0.5161	0.1252	-0.5729	0.2957	0.9934	0.0415	-0.7035	2.5753	1.6883	-1.9692	-2.5529	-0.5326	10.3966	52.6245	14.6398
8	3.4675	2.933	4.4037	3.4065	1.7199	8.8665	-0.3236	-0.2404	0.8122	0.0307	-0.1732	0.674	-0.5166	-0.4047	0.3448	0.5092	0.2385	0.0422	0.5543	-0.0978	0.503	-8.8636	71.8652	22.4328
9	4.312	2.1158	0.6771	6.0853	1.1599	2.8626	-0.1059	0.3975	0.3373	-0.5267	0.0658	0.855	-0.4112	-0.8632	0.009	0.5865	0.1942	-0.0998	0.5666	-0.1099	0.3636	-15.2138	64.979	10.7123
10	5.3971	1.7972	-0.486	1.28	1.2773	2.9837	0.2336	-0.6069	-0.1628	0.268	0.1552	0.3306	-0.3388	-0.574	-0.2536	0.8811	-0.0126	0.3206	0.8015	0.0535	0.6003	-14.2745	53.1133	25.5645
11	5.6819	0.716	-0.5341	2.7388	0.0185	3.6596	0.0111	0.0543	0.0214	-0.1884	0.1722	-0.1053	0.2393	0.1942	-0.201	0.3705	0.05	0.0025	0.209	-0.1023	0.3131	-3.33	64.2008	14.3239
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53	4.518	-0.6472	1.249	4.4537	-0.7388	5.4101	0.229	0.4503	-0.0353	0.1837	-0.0464	-0.0135	0.0546	-0.5261	-0.1478	0.3441	-0.1127	-0.0536	0.5903	0.1308	0.5126	15.5226	22.9059	56.7939
54	1.4697	0.8398	-0.1306	0.5081	-0.4743	2.395	-0.6979	-0.0377	0.5855	0.5206	0.0006	-0.1313	-0.9017	-0.326	0.463	1.5258	0.1632	-0.2589	1.0508	0.0992	1.3431	14.4001	46.7011	64.9013
55	2.5427	0.6685	-0.4453	5.0579	-0.0981	3.1742	-0.5331	0.2878	0.4535	0.5441	0.0191	-0.5679	-0.5835	0.1971	0.3193	0.6242	-0.0067	-0.1919	0.7493	0.3537	0.7748	15.8783	41.1455	53.652
56	2.9248	0.1418	0.4799	4.5599	-0.239	3.0978	-0.2799	0.4844	0.5435	-0.1052	-0.1281	-0.3848	-0.4591	-0.7154	0.3963	0.3871	-0.0326	-0.0983	1.0876	0.3625	0.6868	14.1125	39.9286	48.8659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1014:1023)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 1024:1046)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 1047:1055)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 1056:1094)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 1095:1125)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 1126:1138)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 1139:1147)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 1014:1023)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 1024:1046)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 1047:1055)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 1056:1085)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 1086:1108)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 1109:1132)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 1133:1149)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 1014:1028)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 1029:1055)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 1056:1074)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN C AND (RESSEQ 1075:1099)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESSEQ 1100:1148)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 1014:1028)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESSEQ 1029:1046)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESSEQ 1047:1055)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 1056:1084)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 1085:1099)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 1100:1148)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN E AND (RESSEQ 1014:1023)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESSEQ 1024:1046)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN E AND (RESSEQ 1047:1064)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN E AND (RESSEQ 1065:1084)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN E AND (RESSEQ 1085:1108)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN E AND (RESSEQ 1109:1132)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN E AND (RESSEQ 1133:1149)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESSEQ 1014:1031)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESSEQ 1032:1064)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN F AND (RESSEQ 1065:1087)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN F AND (RESSEQ 1088:1147)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN G AND (RESSEQ 1014:1028)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN G AND (RESSEQ 1029:1042)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN G AND (RESSEQ 1043:1055)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN G AND (RESSEQ 1056:1064)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN G AND (RESSEQ 1065:1074)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN G AND (RESSEQ 1075:1087)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN G AND (RESSEQ 1088:1125)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN G AND (RESSEQ 1126:1146)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN H AND (RESSEQ 1014:1046)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN H AND (RESSEQ 1047:1055)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN H AND (RESSEQ 1056:1074)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN H AND (RESSEQ 1075:1087)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN H AND (RESSEQ 1088:1099)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN H AND (RESSEQ 1100:1138)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN H AND (RESSEQ 1139:1147)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN I AND (RESSEQ 1014:1074)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN I AND (RESSEQ 1075:1147)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN J AND (RESSEQ 1014:1031)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN J AND (RESSEQ 1032:1099)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN J AND (RESSEQ 1100:1147)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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