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万見
- PDB-2ydd: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ydd
タイトルCatalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, soaked with 2',3'-cyclic AMP
要素2', 3'-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / MYELIN (髄鞘) / NERVOUS SYSTEM (神経系)
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 / forebrain development / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / cell projection / response to toxic substance / メラノソーム / 髄鞘 / ミトコンドリア内膜 / 微小管 / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase fold / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase superfamily / Cyclic nucleotide phosphodiesterase / 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase (CNP or CNPase) / Cyclic phosphodiesterase / AAA domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Myelin 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase: Active- Site Ligand Binding and Molecular Conformation.
著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Han, H. / Kursula, P.
履歴
登録2011年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2', 3'-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6412
ポリマ－24,2941
非ポリマー3471
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.360, 46.810, 106.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2', 3'-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE / CNP / CNPASE


分子量: 24293.928 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA
参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-2AM / ADENOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.5
詳細: CRYSTALLIZATION: 50 MM NA-CITRATE PH 3.5 & 30 % PEG 3000, SOAKING: 50 MM NA-CITRATE PH 3.5, 35 % PEG 1500 & 100 MM 2,3-CYCLIC AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796
検出器タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日
詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL (R 400 M)
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 8420 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XMI

2xmi


解像度: 2.4→53.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 22.518 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26943 421 5 %RANDOM
Rwork0.20712 ---
obs0.21019 7999 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.513 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.89 Å20 Å20 Å2
2---2.52 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 23 33 1692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.9992292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.655208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.61424.0367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.73115299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.745157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06421037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01331653
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5554661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8745639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 31 -
Rwork0.279 593 -
obs--99.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.9155 Å / Origin y: 7.2407 Å / Origin z: -14.9685 Å
111213212223313233
T0.1357 Å2-0.0034 Å20.0398 Å2-0.1002 Å2-0.0358 Å2--0.0583 Å2
L3.4447 °2-1.8757 °21.7295 °2-5.9293 °2-1.6198 °2--3.319 °2
S-0.0927 Å °-0.2686 Å °-0.0944 Å °0.7661 Å °0.1638 Å °0.148 Å °0.0594 Å °-0.0283 Å °-0.0711 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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