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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ydb | ||||||
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タイトル | Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, soaked with 2',3'-cyclic NADP | ||||||
要素 | 2', 3'-CYCLIC NUCLEOTIDE 3'-PHOSPHODIESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / MYELIN (髄鞘) / NERVOUS SYSTEM (神経系) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 ...cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath abaxonal region / myelin sheath adaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / 仮足 / 微絨毛 / forebrain development / 軸索誘導 / adult locomotory behavior / cell projection / response to toxic substance / メラノソーム / 髄鞘 / 微小管 / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / ミトコンドリア内膜 / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / RNA binding / 生体膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Myllykoski, M. / Kursula, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Myelin 2',3'-Cyclic Nucleotide 3'-Phosphodiesterase: Active- Site Ligand Binding and Molecular Conformation. 著者: Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Han, H. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ydb.cif.gz | 103.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ydb.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ydb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2ydb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2ydb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24293.928 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 159-378 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PTH 27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
非ポリマーの詳細 | NICOTINAMI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 3.5 詳細: CRYSTALLIZATION: 50 MM NA-CITRATE PH 3.5 & 30 % PEG 3000, SOAKING: 50 MM NA-CITRATE PH 3.5, 35 % PEG 1500 & 100 MM 2,3-CYCLIC NADP FOR 25 MIN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MAR165 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月14日 詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL (R 400 M) |
放射 | モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→25 Å / Num. obs: 11501 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.17 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XMI 解像度: 2.15→23.452 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.61 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.098 Å2 / ksol: 0.396 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.99 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→23.452 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.9799 Å / Origin y: 7.0768 Å / Origin z: -15.3398 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |