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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2yd9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal Ig1-3 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase Sigma | ||||||
要素 | RECEPTOR-TYPE TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE S | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / Signaling by NTRK3 (TRKC) / trans-synaptic signaling / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development ...negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / Signaling by NTRK3 (TRKC) / trans-synaptic signaling / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development / synaptic membrane adhesion / regulation of postsynaptic density assembly / negative regulation of axon extension / Synaptic adhesion-like molecules / corpus callosum development / negative regulation of interferon-beta production / heparan sulfate proteoglycan binding / spinal cord development / phosphoprotein phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / ECM proteoglycans / protein dephosphorylation / cerebellum development / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / hippocampus development / postsynaptic density membrane / Schaffer collateral - CA1 synapse / modulation of chemical synaptic transmission / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / negative regulation of neuron projection development / presynaptic membrane / heparin binding / 成長円錐 / perikaryon / 神経繊維 / glutamatergic synapse / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Coles, C.H. / Shen, Y. / Tenney, A.P. / Siebold, C. / Sutton, G.C. / Lu, W. / Gallagher, J.T. / Jones, E.Y. / Flanagan, J.G. / Aricescu, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2011 タイトル: Proteoglycan-Specific Molecular Switch for Rptp Sigma Clustering and Neuronal Extension. 著者: Coles, C.H. / Shen, Y. / Tenney, A.P. / Siebold, C. / Sutton, G.C. / Lu, W. / Gallagher, J.T. / Jones, E.Y. / Flanagan, J.G. / Aricescu, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2yd9.cif.gz | 127.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2yd9.ent.gz | 98.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2yd9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2yd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/2yd9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33261.570 Da / 分子数: 1 / 断片: IG1-3, RESIDUES 30-321 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) 参照: UniProt: Q13332, プロテインチロシンホスファターゼ |
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#4: 糖 |
-非ポリマー , 4種, 29分子
#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | ChemComp-B3P / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE N-TERMINAL THREE AMINO ACID RESIDUES (ETG) AND THE C- TERMINAL NINE AMINO ACID RESIDUES ...THE N-TERMINAL THREE AMINO ACID RESIDUES (ETG) AND THE C- TERMINAL NINE AMINO ACID RESIDUES (GTKHHHHHH) DERIVE FROM THE PHLSEC VECTOR. THE R228Q AND R229N POINT MUTATIONS WERE INTRODUCED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M SODIUM IODIDE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE, PH 7.5 . |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9786 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14979 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YD4 解像度: 2.6→44.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 27.77 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CLEAR ELECTRON DENSITY WAS NOT VISIBLE FOR RESIDUES 68-74 AND THESE ARE NOT INCLUDED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.16 Å
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拘束条件 |
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