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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2xts
タイトル
Crystal Structure of the Sulfane Dehydrogenase SoxCD from Paracoccus pantotrophus
要素
CYTOCHROMEシトクロム
SULFITE DEHYDROGENASE亜硫酸デヒドロゲナーゼ
キーワード
OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX / SOX SYSTEM / SULFANE OXIDATION / MOLYBDENUM COFACTOR / HEME (ヘム) / ELECTRON TRANSFER (電子移動反応)
機能・相同性
機能・相同性情報
molybdenum ion binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.33→50 Å / Num. obs: 273185 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 9.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度: 1.33→1.4 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 88.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.5.0109
精密化
XDS
データ削減
SCALA
データスケーリング
Auto-Rickshaw
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.33→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.831 / SU ML: 0.018 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.007 / ESU R Free: 0.006 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1111
803
0.3 %
RANDOM
Rwork
0.10699
-
-
-
obs
0.107
273185
96.82 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK