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- PDB-2xrg: Crystal structure of Autotaxin (ENPP2) in complex with the HA155 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xrg
タイトルCrystal structure of Autotaxin (ENPP2) in complex with the HA155 boronic acid inhibitor
要素ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / LYSOPHOSPHATIDIC ACID (リゾホスファチジン酸) / LPA / LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE / LPC / SOMATOMEDIN (ソマトメジン) / METASTASIS / NEUROPATHIC PAIN (神経因性疼痛) / VASCULAR DEVELOPMENT / NEURAL DEVELOPMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity ...response to polycyclic arene / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phospholipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / regulation of cell migration / cellular response to cadmium ion / cell chemotaxis / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. ...Factor Xa Inhibitor - #20 / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Somatomedin B domain, chordata / Somatomedin B -like domains / Somatomedin B domain / Somatomedin B-like domain superfamily / Somatomedin B domain / Somatomedin B domain (SMB) signature. / Somatomedin B (SMB) domain profile. / Type I phosphodiesterase/nucleotide pyrophosphatase/phosphate transferase / Type I phosphodiesterase / nucleotide pyrophosphatase / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Factor Xa Inhibitor / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Few Secondary Structures / イレギュラー / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-SWH / Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hausmann, J. / Albers, H.M.H.G. / Perrakis, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of Substrate Discrimination and Integrin Binding by Autotaxin.
著者: Hausmann, J. / Kamtekar, S. / Christodoulou, E. / Day, J.E. / Wu, T. / Fulkerson, Z. / Albers, H.M.H.G. / Van Meeteren, L.A. / Houben, A.J. / Van Zeijl, L. / Jansen, S. / Andries, M. / Hall, ...著者: Hausmann, J. / Kamtekar, S. / Christodoulou, E. / Day, J.E. / Wu, T. / Fulkerson, Z. / Albers, H.M.H.G. / Van Meeteren, L.A. / Houben, A.J. / Van Zeijl, L. / Jansen, S. / Andries, M. / Hall, T. / Pegg, L.E. / Benson, T.E. / Kasiem, M. / Harlos, K. / Kooi, C.W. / Smyth, S.S. / Ovaa, H. / Bollen, M. / Morris, A.J. / Moolenaar, W.H. / Perrakis, A.
履歴
登録2010年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,74111
ポリマ－98,8691
非ポリマー1,87210
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.995, 90.204, 152.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 ECTONUCLEOTIDE PYROPHOSPHATASE/PHOSPHODIESTERASE FAMILY MEMBER 2 / AUTOTAXIN ENPP2 / EXTRACELLULAR LYSOPHOSPHOLIPASE D / LYSOPLD / AUTOTAXIN / E-NPP 2


分子量: 98869.211 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-862 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / Variant (発現宿主): FLIPIN
参照: UniProt: Q64610, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 20分子

#3: 化合物 ChemComp-SWH / {4-[(4-{(Z)-[3-(4-FLUOROBENZYL)-2,4-DIOXO-1,3-THIAZOLIDIN-5-YLIDENE]METHYL}PHENOXY)METHYL]PHENYL}(TRIHYDROXY)BORATE(1-) / HA155 INHIBITOR


分子量: 480.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20BFNO6S
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 410 TO ALA
非ポリマーの詳細HA155 INHIBITOR (SWH): CO-CRYSTALLIZATION IODIDE ION (IOD): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER CALCIUM ION ...HA155 INHIBITOR (SWH): CO-CRYSTALLIZATION IODIDE ION (IOD): FROM CRYSTALLIZATION BUFFER CALCIUM ION (CA): IN ANALOGY WITH NATIVE ZINC ION (ZN): IN ANALOGY WITH NATIVE ALPHA-D-MANNOSE (MAN): GLYCOSYLATION N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): GLYCOSYLATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.283
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 15159 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 97.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.36 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNTBUSTER 2.8.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XR9

2xr9


解像度: 3.2→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 760 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.2036 15034 98.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.6734 Å20 Å20 Å2
2---13.1624 Å20 Å2
3----2.511 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.578 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6116 0 80 11 6207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086382HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.938675HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2142SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes926HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6346HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.28
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion801SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6053SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 140 5.5 %
Rwork0.2425 2406 -
all0.2448 2546 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.4669 Å / Origin y: -0.6466 Å / Origin z: -9.6652 Å
111213212223313233
T-0.1535 Å2-0.0203 Å20.0171 Å2--0.2961 Å20.0298 Å2---0.0081 Å2
L0.9962 °2-0.4932 °2-0.0273 °2-0.995 °2-0.5209 °2--2.2944 °2
S-0.0555 Å °-0.0954 Å °-0.2078 Å °0.0849 Å °0.0431 Å °0.2056 Å °-0.0328 Å °0.0446 Å °0.0124 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (A56-A395,A402-A457, A470-A556, A563-A569, A591-A858)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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