[日本語] English
万見
- PDB-2xkl: Crystal Structure of Mouse Apolipoprotein M -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xkl
タイトルCrystal Structure of Mouse Apolipoprotein M
要素APOLIPOPROTEIN MAPOM
キーワードLIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of plasma lipoprotein oxidation / Retinoid metabolism and transport / spherical high-density lipoprotein particle / discoidal high-density lipoprotein particle / lipid transporter activity / lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / high-density lipoprotein particle remodeling / low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport ...negative regulation of plasma lipoprotein oxidation / Retinoid metabolism and transport / spherical high-density lipoprotein particle / discoidal high-density lipoprotein particle / lipid transporter activity / lipoprotein metabolic process / high-density lipoprotein particle clearance / high-density lipoprotein particle remodeling / low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport / high-density lipoprotein particle assembly / very-low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / cholesterol efflux / antioxidant activity / response to glucose / phospholipid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Apolipoprotein M / ApoM domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-PROPANOL / Apolipoprotein M
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sevvana, M. / Kassler, K. / Josefin, A. / Weiler, S. / Dahlback, B. / Sticht, H. / Muller, Y.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Mouse Apom Displays an Unprecedented Seven-Stranded Lipocalin Fold: Folding Decoy or Alternative Native Fold?
著者: Sevvana, M. / Kassler, K. / Ahnstrom, J. / Weiler, S. / Dahlback, B. / Sticht, H. / Muller, Y.A.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: APOLIPOPROTEIN M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3395
ポリマ－19,1021
非ポリマー2374
水1,67593
1
A: APOLIPOPROTEIN M
ヘテロ分子

A: APOLIPOPROTEIN M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67810
ポリマ－38,2032
非ポリマー4748
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+5/61
Buried area2930 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.930, 53.930, 207.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 APOLIPOPROTEIN M / APOM / APOM / APO-M


分子量: 19101.688 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 20-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET30XA/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9Z1R3

-
非ポリマー , 5種, 97分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-POL / N-PROPANOL / 1-PROPONOL / プロパノ-ル / Propan-1-ol


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 5.6, 20% V/V 2-PROPANOL, 20% W/V PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / タイプ: BESSY / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 6802 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 26.489 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 8.08 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.56 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WEW

2wew


解像度: 2.5→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 16.247 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2473 340 5 %RANDOM
Rwork0.18731 ---
obs0.19033 6450 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.554 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.91 Å20.46 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1163 0 15 93 1271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9731632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7065147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81923.77453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.90515192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.219158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2791
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2470.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10421207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7423472
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9894.5425
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 24 -
Rwork0.209 449 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4076-0.0835-0.43490.42760.69851.16160.13430.2099-0.0411-0.0287-0.25030.2192-0.0656-0.02650.1160.03840.0343-0.00920.04280.0160.032514.402520.7279101.0769
24.0656-1.1318-1.09332.95351.14813.33020.0309-0.00580.1793-0.0923-0.0599-0.0414-0.23920.16090.029-0.0016-0.0391-0.01090.0296-0.01360.011622.977120.0007106.0583
36.40732.0046-1.9352.988-0.29313.8648-0.25730.2482-0.4075-0.01030.02390.14080.28570.07910.23340.0580.02760.02110.0096-0.02830.044717.405514.601298.6
42.32440.0191-1.1521.3981.24286.713-0.23280.0773-0.16990.1392-0.0380.23270.7031-0.12650.27080.07930.00720.0201-0.0257-0.00580.042119.93948.8922101.2737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A55 - 126
3X-RAY DIFFRACTION3A127 - 158
4X-RAY DIFFRACTION4A159 - 189

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る