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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xgp | |||||||||
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タイトル | Yeast DNA polymerase eta in complex with C8-2-acetylaminofluorene containing DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / TRANSLESION DNA SYNTHESIS (DNA修復) / DNA-BINDING / DNA DAMAGE (DNA修復) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA複製 ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / DNA複製 / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / DNA複製 / damaged DNA binding / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Scheider, S. / Lammens, K. / Schorr, S. / Hopfner, K.P. / Carell, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Mechanism of Replication Blocking and Bypass of Y-Family Polymerase Eta by Bulky Acetylaminofluorene DNA Adducts. 著者: Schorr, S. / Schneider, S. / Lammens, K. / Hopfner, K.P. / Carell, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xgp.cif.gz | 241 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xgp.ent.gz | 187.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xgp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/2xgp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60708.648 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-513 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) プラスミド: PDEST007 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q04049, DNAポリメラーゼ #2: DNA鎖 | 分子量: 2835.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 3475.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 1-513 WITH N-TERMINAL STREP-TAG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 4MG/ML, 11-14% PEG3350, 0.15-0.2M CACL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9129 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9129 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→49 Å / Num. obs: 44372 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 26.84 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 5.99 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2JIH 解像度: 2.7→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 11.857 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.834 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. OCCUPANCY OF DISORDERED ATOMS WAS SET TO ZERO DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.494 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.76 Å
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拘束条件 |
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