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Yorodumi- PDB-2xbl: Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei in compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2xbl | ||||||
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Title | Crystal structure of GmhA from Burkholderia pseudomallei in complex with product | ||||||
Components | PHOSPHOHEPTOSE ISOMERASED-sedoheptulose 7-phosphate isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / CAPSULE | ||||||
Function / homology | Function and homology information D-sedoheptulose-7-phosphate isomerase / D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase activity / D-glycero-D-manno-heptose 7-phosphate biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / carbohydrate derivative binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.62 Å | ||||||
Authors | Harmer, N.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2010 Title: The Structure of Sedoheptulose-7-Phosphate Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Reveals a Zinc Binding Site at the Heart of the Active Site. Authors: Harmer, N.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2xbl.cif.gz | 312.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2xbl.ent.gz | 255.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2xbl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/2xbl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 8 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 20921.832 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI (bacteria) / Strain: K96243 / Plasmid: PNIC28 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta References: UniProt: Q93UJ2, Isomerases; Intramolecular oxidoreductases; Interconverting aldoses and ketoses, and related compounds #3: Sugar | ChemComp-M7P / |
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-Non-polymers , 5 types, 948 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-PG4 / | #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.9 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.6 / Details: 0.05 M SODIUM ACETATE PH 4.6, 4% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763,1.283 | |||||||||
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Sep 21, 2009 / Details: MIRRORS | |||||||||
Radiation | Monochromator: SI CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.62→47.8 Å / Num. obs: 93361 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 14.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.62→1.71 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 71.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 1.62→47.772 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.01 / Phase error: 17.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.644 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.71 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.62→47.772 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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