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万見
- PDB-2xam: Inositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xam
タイトルInositol 1,3,4,5,6-pentakisphosphate 2-kinase from A. thaliana in complex with ADP and IP6.
要素INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / INOSITOL (イノシトール) / POLYPHOSPHATE KINASE / IPK / INSP5 2-K / PHYTIC ACID SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium ...inositol tetrakisphosphate 2-kinase activity / inositol-pentakisphosphate 2-kinase / inositol pentakisphosphate 2-kinase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / lateral root development / intracellular phosphate ion homeostasis / phosphate ion homeostasis / defense response to fungus / defense response to virus / defense response to bacterium / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase, N-terminal lobe / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / フィチン酸 / Inositol-pentakisphosphate 2-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Inositol 1,3,4,5,6-Pentakisphosphate 2-Kinase is a Distant Ipk Member with a Singular Inositide Binding Site for Axial 2-Oh Recognition.
著者: Gonzalez, B. / Banos-Sanz, J.I. / Villate, M. / Brearley, C.A. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2010年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年2月29日Group: Other
改定 1.32012年3月7日Group: Other
改定 1.42016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.52018年3月7日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.62018年6月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02020年10月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,83812
ポリマ－101,4352
非ポリマー2,40310
水3,369187
1
A: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9196
ポリマ－50,7181
非ポリマー1,2015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9196
ポリマ－50,7181
非ポリマー1,2015
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.124, 113.591, 142.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99898, 0.0413, 0.01828), (0.04262, -0.99599, -0.07866), (0.01496, 0.07936, -0.99673)
ベクター: -32.36369, 128.04536, 107.26343)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 INOSITOL-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / / INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2- ...INOSITOL 1 / 3 / 4 / 5 / 6-PENTAKISPHOSPHATE 2-KINASE / INS(1 / 3 / 4 / 5 / 6)P5 2-KINASE / INSP5 2-KINASE / ATIPK1


分子量: 50717.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: PKLSLT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLySS
参照: UniProt: Q93YN9, inositol-pentakisphosphate 2-kinase

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非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THERE ARE SEVERAL DISCREPANCES IN SEQUENCE BETWEEN THE DATABASE ANNOTATION AND THE CRYSTALLISED PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
解説: THIS DATASET WAS NECESSARY FOR MODEL COMPLETION OF 2XAL ENTRY
結晶化pH: 5.9
詳細: 22% PEG 3350, 100 MM BIS-TRIS PH 5.9, 2 MM MGCL2. PROTEIN WAS MIXED WITH 2 MM ADP AND 2 MM INOSITOL-6-P

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→71.24 Å / Num. obs: 48686 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.05 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.84
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 5.71 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XAL

2xal


解像度: 2.2→88.736 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 13.453 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 2474 5.18 %RANDOM
Rwork0.2266 ---
obs0.229 48621 99.782 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.269 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.089 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→88.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6694 0 132 187 7013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0226945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1491.9999394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2095835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38624.647312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.072151269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4311539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.54189
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.95126760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28132756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1464.52634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 190 -
Rwork0.269 3289 -
obs--98.583 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72090.906-0.45762.6655-1.35782.0897-0.13860.2666-0.1413-0.56530.0564-0.21620.42970.18170.08220.19950.0080.02460.2002-0.04210.033340.12671.09531.362
21.9254-0.61790.49642.67170.09671.6401-0.1681-0.11830.14410.33040.0866-0.1966-0.07480.13160.08150.07260.0102-0.06610.0248-0.00650.0769.23754.73481.393
30.885-0.1680.06592.2317-0.4470.79620.02880.084-0.01980.0620.02060.1562-0.0791-0.0028-0.04940.067-0.01880.00470.020.01210.064829.0774.68849.753
40.9044-0.00360.13031.8656-0.18090.4107-0.13150.1460.1406-0.09570.03060.0634-0.03940.00730.1010.0527-0.0247-0.05970.02860.04060.144458.31951.82462.144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 435
4X-RAY DIFFRACTION4B160 - 435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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