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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2x7b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal acetylase Ard1 from Sulfolobus solfataricus P2 | ||||||
![]() | N-ACETYLTRANSFERASE SSO0209 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / NatA complex / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Mackay, D. / White, M.F. / Taylor, G.L. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Scottish Structural Proteomics Facility: Targets, Methods and Outputs. 著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / ...著者: Oke, M. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / Yan, X. / Kerou, M. / Weikart, N.D. / Kadi, N. / Sheikh, M.A. / Schmelz, S. / Dorward, M. / Zawadzki, M. / Cozens, C. / Falconer, H. / Powers, H. / Overton, I.M. / Van Niekerk, C.A.J. / Peng, X. / Patel, P. / Garrett, R.A. / Prangishvili, D. / Botting, C.H. / Coote, P.J. / Dryden, D.T.F. / Barton, G.J. / Schwarz-Linek, U. / Challis, G.L. / Taylor, G.L. / White, M.F. / Naismith, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ivyC ![]() 2jg5C ![]() 2jg6C ![]() 2vw8C ![]() 2vxzC ![]() 2wj9C ![]() 2x0oC ![]() 2x3dC ![]() 2x3eC ![]() 2x3fC ![]() 2x3gC ![]() 2x3lC ![]() 2x3mC ![]() 2x3nC ![]() 2x3oC ![]() 2x48C ![]() 2x4gC ![]() 2x4hC ![]() 2x4iC ![]() 2x4jC ![]() 2x4kC ![]() 2x4lC ![]() 2x5cC ![]() 2x5dC ![]() 2x5fC ![]() 2x5gC ![]() 2x5hC ![]() 2x5pC ![]() 2x5qC ![]() 2x5rC ![]() 2x5tC ![]() 2x7iC ![]() 2xu2C ![]() 2ob0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19530.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q980R9, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-COA / ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE |
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結晶化![]() | pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 0.2 M NACL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.95→27.84 Å / Num. obs: 11101 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 93.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OB0 解像度: 1.95→27.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.026 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FIRST 10 RESIDUES AND THE FINAL RESIDUE ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.479 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→27.84 Å
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拘束条件 |
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