+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ag5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase E88H/H127E mutant from Sulfolobus solfataricus | ||||||
要素 | N-alpha-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / NatA complex / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020 タイトル: Adaptation of thermophilic acetyltransferase to a water-mediated catalytic mechanism. 著者: Chang, Y.Y. / Hagawa, S. / Hsu, C.H. #1: ジャーナル: SCI REP / 年: 2015 タイトル: Structural Basis for Substrate-specific Acetylation of Nalpha-acetyltransferase Ard1 from Sulfolobus solfataricus 著者: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ag5.cif.gz | 84.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ag5.ent.gz | 61.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ag5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6ag5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/6ag5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20512.717 Da / 分子数: 1 / 変異: H88E, E127H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: P2 / 遺伝子: AsArd1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q980R9, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA, N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% Tacsimate pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.9765 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→30 Å / Num. obs: 7313 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 10.69 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.32 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4R3K 解像度: 2.32→21.314 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.13 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→21.314 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|