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万見
- PDB-2x3x: structure of mouse syndapin I (crystal form 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x3x
タイトルstructure of mouse syndapin I (crystal form 1)
要素(PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1) x 2
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / PHOSPHOPROTEIN / BAR / N-WASP / DYNAMIN / PACSIN I / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


presynaptic endocytic zone / plasma membrane tubulation / COPI-coated vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / photoreceptor ribbon synapse / negative regulation of endocytosis / protein localization to membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of dendrite development / synaptic vesicle endocytosis ...presynaptic endocytic zone / plasma membrane tubulation / COPI-coated vesicle / Clathrin-mediated endocytosis / photoreceptor ribbon synapse / negative regulation of endocytosis / protein localization to membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of dendrite development / synaptic vesicle endocytosis / regulation of endocytosis / axon terminus / cytoskeleton organization / cytoskeletal protein binding / neuron projection morphogenesis / protein localization to plasma membrane / actin filament organization / postsynaptic density membrane / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / ruffle membrane / 髄鞘 / エンドソーム / glutamatergic synapse / シナプス / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PACSIN1, F-BAR / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain ...PACSIN1, F-BAR / PACSIN1/PACSIN2, SH3 domain / Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain / Fes/CIP4, and EFC/F-BAR homology domain / Fes/CIP4 homology domain / FCH domain / F-BAR domain / F-BAR domain profile. / AH/BAR domain superfamily / Variant SH3 domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein kinase C and casein kinase substrate in neurons protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ma, Q. / Rao, Y. / Vahedi-Faridi, A. / Saenger, W. / Haucke, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for SH3 Domain Regulation of F-Bar-Mediated Membrane Deformation.
著者: Rao, Y. / Ma, Q. / Vahedi-Faridi, A. / Sundborger, A. / Pechstein, A. / Puchkov, D. / Luo, L. / Shupliakov, O. / Saenger, W. / Haucke, V.
履歴
登録2010年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1
B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1
C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1
D: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1
E: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5115
ポリマ－131,5115
非ポリマー00
水0
1
C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1

C: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6992
ポリマ－78,6992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area9310 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area32700 Å2
手法PISA
2
A: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1
B: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,6992
ポリマ－78,6992
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-77.3 kcal/mol
Surface area31440 Å2
手法PISA
3
D: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7311
ポリマ－6,7311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
E: PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7311
ポリマ－6,7311
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.077, 154.545, 255.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1 / SYNDAPIN I


分子量: 39349.430 Da / 分子数: 3 / 断片: F-BAR DOMAIN, RESIDUES 1-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61644
#2: タンパク質 PROTEIN KINASE C AND CASEIN KINASE SUBSTRATE IN NEURONS PROTEIN 1 / SYNDAPIN I


分子量: 6731.324 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 382-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61644

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.3
詳細: 2.5UL SYNDAPIN (5MG/ML IN 50MM HEPES, 50MM NACL) MIXED WITH 0.5UL 0.3M GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE AND 2UL WELL SOLUTION 0.1M NAAC/HAC PH5.3, 3%(W/V) PEG4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月15日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH 2 SETS OF MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→73.17 Å / Num. obs: 23772 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14.97
反射 シェル解像度: 3.35→3.45 Å / 冗長度: 6.16 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.35→73.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 46.502 / SU ML: 0.312 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.562 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27701 1192 5 %THIN SHELLS
Rwork0.22062 ---
obs0.2234 22578 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.581 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.02 Å20 Å20 Å2
2---11.66 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→73.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8006 0 0 0 8006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9721.94810945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.774314158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.555962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32424.989447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.482151604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3581558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029033
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021620
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1650.26093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1670.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.08425045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.15521958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77837679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86843722
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.87553266
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 121 -
Rwork0.333 1610 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16150.2451-0.1999.1634-2.99891.6406-0.0331-0.04780.02910.32640.21630.0123-0.2064-0.335-0.1832-0.4297-0.06840.0304-0.32210.0382-0.4305-27.881953.0194-49.2242
20.57810.5659-0.32516.2443-1.75650.7999-0.103-0.1709-0.1817-0.27390.2510.28760.1025-0.1614-0.148-0.1831-0.1958-0.0801-0.29070.0694-0.3928-35.43467.3712-41.4692
30.4294-0.12810.10224.5568-2.281.5291-0.25760.07110.0243-0.61620.3075-0.77980.1158-0.1061-0.0498-0.0176-0.09050.1897-0.0510.1501-0.0321-18.1643-57.1197-15.2569
43.31821.11081.47467.5219-4.60379.7439-0.2602-1.12980.33830.89050.1128-0.6432-0.7997-0.45720.14740.57860.1240.08090.0413-0.2376-0.0822-22.7706103.6314-49.9957
52.9334-2.40271.44647.0814.1616.3022-0.3775-0.39370.43080.95870.4515-0.1114-0.41860.0927-0.07410.6491-0.15930.11190.47320.05750.291-41.301723.6153-19.7659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 304
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 304
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4D385 - 440
5X-RAY DIFFRACTION5E385 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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