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- PDB-2wwd: 3D-structure of the modular autolysin LytC from Streptococcus pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wwd
タイトル3D-structure of the modular autolysin LytC from Streptococcus pneumoniae in complex with pneummococcal peptidoglycan fragment
要素1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GLYCOSIDASE / CHOLINE-BINDING PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase / peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity
類似検索 - 分子機能
Choline-binding repeat / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル ...Choline-binding repeat / Glycosyl hydrolase family 25 (GH25) domain profile. / Glycoside hydrolase, family 25 / Glycosyl hydrolases family 25 / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アラニン / CHOLINE ION / グルタミン / 1,4-beta-N-acetylmuramidase / 1,4-beta-N-acetylmuramidase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Perez-Dorado, I. / Sanles, R. / Hermoso, J.A. / Gonzalez, A. / Garcia, A. / Garcia, P. / Garcia, J.L.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Insights Into Pneumococcal Fratricide from the Crystal Structures of the Modular Killing Factor Lytc.
著者: Perez-Dorado, I. / Gonzalez, A. / Morales, M. / Sanles, R. / Striker, W. / Vollmer, W. / Mobashery, S. / Garcia, J.L. / Martinez-Ripoll, M. / Garcia, P. / Hermoso, J.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Insights Into the Structure-Function Relationships of Pneumococcal Cell Wall Lysozymes, Lytc and Cpl- 1.
著者: Monterroso, B. / Saiz, J.L. / Garcia, P. / Garcia, J.L. / Menendez, M.
#2: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: Unravelling the Structure of the Pneumococcal Autolytic Lysozyme.
著者: Monterroso, B. / Lopez-Zumel, C. / Garcia, J.L. / Saiz, J.L. / Garcia, P. / Campillo, N.E. / Menendez, M.
#3: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1999
タイトル: The Molecular Characterization of the First Autolytic Lysozyme of Streptococcus Pneumoniae Reveals Evolutionary Mobile Domains.
著者: Garcia, P. / Paz Gonzalez, M. / Garcia, E. / Garcia, J.L. / Lopez, R.
履歴
登録2009年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年4月3日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 2.02020年7月1日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.pdbx_num_residues
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,37618
ポリマ－55,2711
非ポリマー2,10617
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.400, 66.870, 77.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE / LYTC AUTOLYSIN


分子量: 55270.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / プラスミド: PLCC14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9Z4J8, UniProt: Q8DP07*PLUS, リゾチーム
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-alpha-muramic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 496.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4MurNAc1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCO/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(3+1)][<C3O1>]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン / コリン (栄養素)


分子量: 104.171 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細ENTRY ACCESSION CODE CORRESPONDS TO THE IMMATURE PROTEIN WHICH POSSESSES A SIGNAL PEPTIDE OF 33 ...ENTRY ACCESSION CODE CORRESPONDS TO THE IMMATURE PROTEIN WHICH POSSESSES A SIGNAL PEPTIDE OF 33 AMINO-ACIDS BUT THE STRUCTURE HERE REPORTED CORRESPONDS TO THE MATURE FORM. THE FIRST AMINO-ACID OF THE MATURE PROTEIN IS REFERED AS TO RESIDUE 1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→75 Å / Num. obs: 27909 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WW5

2ww5


解像度: 2.25→57.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 12.134 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE FIRST 37 AA OF THE POLYPEPTIDE CHAIN WERE NOT MODELLED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1925 6.9 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.206 25982 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20.73 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→57.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3653 0 138 136 3927
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223899
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0971.9365273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4655431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.20524.434212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44415614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.6121513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5421.52181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98123395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15832098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8024.51878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 152 -
Rwork0.275 1897 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4282-1.2355-0.73354.07160.18583.7297-0.06630.1623-0.03040.31720.1602-0.01950.25910.1184-0.09380.0382-0.0273-0.0006-0.0326-0.0479-0.084831.3182-53.40083.546
20.26190.64120.14852.36620.91950.4722-0.0588-0.03310.0435-0.12010.070.06090.01820.0197-0.01120.0209-0.0344-0.032-0.0374-0.002-0.017531.5136-16.270318.3963
35.9565-5.6482-5.278611.42828.595110.3428-0.0234-0.00590.3414-0.1347-0.66680.9701-0.1516-0.08610.6903-0.1437-0.0589-0.035-0.0625-0.16240.230433.712421.703528.5084
47.49750.497-1.452.7944-0.01553.15450.5791-0.35260.81010.2118-0.2556-0.0134-0.44550.2864-0.3234-0.0329-0.06320.1402-0.1221-0.03320.141414.84131.112933.0489
51.86150.37840.26930.44880.17320.83650.02540.1954-0.1032-0.02440.0215-0.05930.0023-0.0229-0.0469-0.03410.00590.0262-0.0207-0.0032-0.02451.939914.506122.6326
61.7998-0.4356-2.60280.23581.1716.010.16790.5722-0.8409-0.40090.2757-0.31350.41920.6253-0.44360.01980.0599-0.07750.0465-0.15250.03089.01331.90028.714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3A218 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4A243 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5A268 - 365
6X-RAY DIFFRACTION5A381 - 468
7X-RAY DIFFRACTION6A366 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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