PDB-2wqd: Crystal structure of enzyme I of the phosphoenolpyruvate:sugar ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wqd

タイトル

Crystal structure of enzyme I of the phosphoenolpyruvate:sugar phosphotransferase system in the dephosphorylated state

要素

PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE

Phosphoenolpyruvate—protein phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

KINASE (キナーゼ) /

CYTOPLASM (細胞質) / TRANSPORT /

MAGNESIUM (マグネシウム) / PEP-UTILISING ENZYME /

PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM / METAL-BINDING / SUGAR TRANSPORT / PHOSPHOENOLPYRUVATE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase /

phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase activity / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system /

kinase activity /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Oberholzer, A.E. / Schneider, P. / Siebold, C. / Baumann, U. / Erni, B.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Enzyme I of the Phosphoenolpyruvate:Sugar Phosphotransferase System in the Dephosphorylated State.
著者: Oberholzer, A.E. / Schneider, P. / Siebold, C. / Baumann, U. / Erni, B.

履歴

登録	2009年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wqd.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wqd.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ac6-2 6acx-2 4ak4-d 6ac8-3 4g03-d 3lak-d 1sjd-d 3ffz-1 4241 3lp2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

63.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.340, 98.340, 105.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	PHOSPHOENOLPYRUVATE-PROTEIN PHOSPHOTRANSFERASE / Phosphoenolpyruvate—protein phosphotransferase / PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM\ / ENZYME I 分子量: 63200.625 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-572 COMPND 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P51183
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 191 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 365 TO SER

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M KCL 20% (W/V) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→35.91 Å / Num. obs: 23409 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.07 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.54 Å / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→35.906 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 30.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2951	1747	7.5 %
R_work	0.2282	-	-
obs	0.2331	23406	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.786 Å² / k_sol: 0.283 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3899 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.3899 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.6178 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4324	0	1	155	4480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4377
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	5931
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.309	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	702
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	783

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4706	0.3851	143	0.3103	1748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4706-2.5504	0.3497	143	0.2854	1797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.6415	0.3351	143	0.2744	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6415-2.7472	0.3278	144	0.2625	1793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.8722	0.3348	144	0.2601	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8722-3.0236	0.3357	142	0.2805	1800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.2129	0.3336	149	0.2718	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2129-3.4608	0.3469	146	0.2503	1798	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4608-3.8087	0.2744	142	0.2258	1807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8087-4.359	0.2678	149	0.1849	1821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.359-5.4887	0.2297	149	0.1711	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4887-35.9095	0.2421	153	0.1915	1926	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5324	0.1582	0.3205	-0.2772	0.7134	1.6781	-0.354	-0.0716	0.1345	-0.0378	0.0417	0.1118	0.1901	-0.2926	0.2441	0.2245	0.0328	0.0173	0.3642	-0.053	0.3548	-50.1559	21.9667	-11.4602
2	1.0221	0.7383	-0.8133	0.2196	-1.0156	1.4125	-0.2569	0.1554	-0.2107	-0.121	-0.0525	0.001	0.2347	-0.5273	0.2425	0.1044	-0.0934	0.0961	0.3481	-0.216	0.2749	-56.6714	8.301	-7.6553
3	2.0593	-0.1631	-0.1519	0.3067	-0.1693	0.9691	-0.1044	-0.1379	0.1815	0.1214	0.0103	-0.0578	0.2447	0.0022	0.0832	0.3154	0.0208	0.0395	0.1566	0.0195	0.2182	-33.4533	19.6047	-17.6017
4	0.5068	1.2928	-0.3312	1.9873	1.6009	2.7581	0.3703	-0.2957	-0.0256	-0.1426	-0.2354	-0.0328	0.0772	-1.5334	-0.1577	0.1661	-0.1559	-0.1226	0.8751	0.2695	0.226	-26.8761	-10.0027	-8.967
5	0.4196	0.2235	1.0114	1.5119	1.4408	3.9015	0.3626	-0.3548	-0.109	-0.0276	-0.0233	-0.0655	0.1256	-1.619	-0.2936	-0.0133	-0.1561	-0.0679	0.7022	0.2902	0.1636	-21.9244	-5.9911	4.6727

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:39)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 40:157)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 158:252)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 253:343)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 344:572)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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