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- PDB-2wpg: Sucrose Hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wpg
タイトルSucrose Hydrolase
要素AMYLOSUCRASE OR ALPHA AMYLASE
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENZYME (酵素) / SUCROSE HYDROLYSIS / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 13
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Amylosucrase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...Amylosucrase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, C-terminal (DUF3459) / Domain of unknown function (DUF3459) / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amylosucrase or alpha amylase
類似検索 - 構成要素
生物種XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. CAMPESTRIS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Champion, E. / Remaud-Simeon, M. / Skov, L.K. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Mirza, O.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: The Apo Structure of Sucrose Hydrolase from Xanthomonas Campestris Pv. Campestris Shows an Open Active-Site Groove
著者: Champion, E. / Remaud-Simeon, M. / Skov, L.K. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M. / Mirza, O.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月4日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMYLOSUCRASE OR ALPHA AMYLASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3631
ポリマ－69,3631
非ポリマー00
水15,493860
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.634, 47.658, 87.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AMYLOSUCRASE OR ALPHA AMYLASE / SUCROSE HYDROLASE


分子量: 69362.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XANTHOMONAS CAMPESTRIS PV. CAMPESTRIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP 10 / 参照: UniProt: Q8P5I2
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 860 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.61 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24.8 Å / Num. obs: 43650 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G5A

1g5a


解像度: 1.9→24.774 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 225 TO 227 AND 438 TO 442 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 2182 5 %
Rwork0.1537 --
obs0.1564 43631 93.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.674 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2919 Å20 Å2-0.0746 Å2
2--1.4042 Å20 Å2
3----1.1123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 0 860 5681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064956
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0126787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9961698
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063746
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94130.24041260.17832418X-RAY DIFFRACTION88
1.9413-1.98650.26251300.17662451X-RAY DIFFRACTION89
1.9865-2.03610.22981100.17172455X-RAY DIFFRACTION90
2.0361-2.09120.25651230.16372528X-RAY DIFFRACTION91
2.0912-2.15270.24581450.15542486X-RAY DIFFRACTION91
2.1527-2.22210.20491490.14862518X-RAY DIFFRACTION92
2.2221-2.30150.22471330.15832559X-RAY DIFFRACTION93
2.3015-2.39350.21351310.16322621X-RAY DIFFRACTION94
2.3935-2.50240.23311410.1592612X-RAY DIFFRACTION95
2.5024-2.63420.22071520.15942582X-RAY DIFFRACTION95
2.6342-2.7990.2121450.1572617X-RAY DIFFRACTION95
2.799-3.01480.2271410.15692662X-RAY DIFFRACTION96
3.0148-3.31750.19071230.14952688X-RAY DIFFRACTION96
3.3175-3.79610.18151450.13522681X-RAY DIFFRACTION96
3.7961-4.7770.16031300.12032775X-RAY DIFFRACTION97
4.777-24.7760.17211580.15032796X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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