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- PDB-2wkf: Crystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wkf
タイトルCrystal Structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor from Plasmodium falciparum
要素(MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR) x 2
キーワードCYTOKINE (サイトカイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maurer's cleft / Neutrophil degranulation / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / phenylpyruvate tautomerase activity / evasion of host immune response / cytokine activity / host cell cytoplasm / oxidoreductase activity / host cell surface receptor binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: The crystal structures of macrophage migration inhibitory factor from Plasmodium falciparum and Plasmodium berghei.
著者: Dobson, S.E. / Augustijn, K.D. / Brannigan, J.A. / Schnick, C. / Janse, C.J. / Dodson, E.J. / Waters, A.P. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年9月28日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32018年2月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
B: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1414
ポリマ－27,9572
非ポリマー1842
水1,49583
1
A: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0332
ポリマ－13,9411
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1092
ポリマ－14,0171
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.291, 83.291, 83.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2023-

HOH

21B-2018-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.262, -0.4478, -0.8549), (0.8456, 0.3204, -0.427), (0.4651, -0.8347, 0.2947)
ベクター: -16.198, 0.735, 31.143)

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要素

#1: タンパク質 MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR / / MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR HOMOLOG / PUTATIVE


分子量: 13940.556 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-116 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q8I5C5
#2: タンパク質 MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR / / MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR HOMOLOG / PUTATIVE


分子量: 14016.674 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-116 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS2 IS MODIFIED TO CME IN CHAIN B DUE TO BINDING TO BETA-MERCAPTOETHANOL
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / プラスミド: PQE-70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q8I5C5
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.63 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 10% PEG 1000, 10% PEG 8000, 0.2 M KSCN, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 12419 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WKB

2wkb


解像度: 2.05→58.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 16.881 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32057 587 4.9 %RANDOM
Rwork0.24943 ---
obs0.253 11459 97.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.002 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→58.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1570 0 12 83 1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8151.9592163
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4875203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.16325.76978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.06815274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.906159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0541.51013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.86521635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0073590
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7264.5527
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.048→2.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 38 -
Rwork0.286 874 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9248-0.47150.01850.8603-0.44112.0523-0.0197-0.02920.05080.02810.0570.0965-0.1721-0.1523-0.03730.08140.0055-0.00520.0282-0.00940.0892-1.205516.82193.2877
20.47660.21740.4110.9204-0.21731.7111-0.00520.08570.06280.08710.0123-0.1094-0.07730.0223-0.00710.02690.0050.00690.06510.03380.1154-2.529821.5959-27.6914
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 105
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 101

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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