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- PDB-2wbi: Crystal structure of human acyl-CoA dehydrogenase 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbi
タイトルCrystal structure of human acyl-CoA dehydrogenase 11
要素ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HUMAN (ヒト) / ACYL-COA (アシルCoA) / DEHYDROGENASE (脱水素酵素) / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid beta-oxidation / ミトコンドリア / ペルオキシソーム ...very-long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / acyl-CoA dehydrogenase activity / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / fatty acid beta-oxidation / ミトコンドリア / ペルオキシソーム / flavin adenine dinucleotide binding / ミトコンドリア内膜 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase family member 10/11, N-terminal / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain ...Acyl-CoA dehydrogenase family member 10/11, N-terminal / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / リン酸塩 / Acyl-CoA dehydrogenase family member 11
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Roos, A. / Yue, W. / Pilka, E. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Roos, A. / Yue, W. / Pilka, E. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Acyl-Coa Dehydrogenase 11
著者: Muniz, J.R.C. / Guo, K. / Savitsky, P. / Roos, A. / Yue, W. / Pilka, E. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Oppermann, U.
履歴
登録2009年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年12月5日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,18520
ポリマ－95,4242
非ポリマー1,76118
水43224
1
A: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
ヘテロ分子

A: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
B: ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,37140
ポリマ－190,8494
非ポリマー3,52236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area18370 Å2
ΔGint-111.3 kcal/mol
Surface area70100 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.089, 128.089, 129.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLUGLUAA23 - 5123 - 51
21GLNGLNGLUGLUBB23 - 5123 - 51
12LYSLYSARGARGAA62 - 20362 - 203
22LYSLYSARGARGBB62 - 20362 - 203
13GLNGLNARGARGAA214 - 423214 - 423
23GLNGLNARGARGBB214 - 423214 - 423

NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (1), (1))

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要素

#1: タンパク質 ACYL-COA DEHYDROGENASE FAMILY MEMBER 11 / ACYL-COA DEHYDROGENASE 11 / ACAD-11


分子量: 47712.168 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 355-780 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER肝臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q709F0
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.84 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50% PEG 300, 0.20 M NACL, 0.1 M NA/K-PO4, PH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.88
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→45.6 Å / Num. obs: 30800 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0085精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→45.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 25.811 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.768 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. UNK ATOMS RELATED TO A SECOND LIGAND WERE MODELED IN THE ACTIVE SITE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1550 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.225 29219 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20.79 Å20 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 130 24 6196
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226331
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9718603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8575796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81424.008252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.664151061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2721535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2761.53954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.55126340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07332377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7624.52263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1504tight positional0.050.05
2B1320medium positional0.080.5
1A1504tight thermal0.080.5
2B1320medium thermal0.092
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.404 116
Rwork0.35 2135
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4077-0.3688-0.16421.44540.27421.2080.0634-0.05330.40120.0351-0.0205-0.1753-0.31230.1308-0.0430.1126-0.08670.01810.119-0.02660.120456.049-28.246228.1288
22.2755-1.32180.89421.493-0.56381.06950.02260.03160.0935-0.00110.036-0.1334-0.07030.207-0.05870.0267-0.0450.00490.0935-0.02430.028260.3532-42.83817.9091
31.3769-0.3425-0.03881.3032-0.34661.48060.0609-0.18040.2940.0411-0.0207-0.0342-0.1880.0172-0.04010.0326-0.01380.01670.0293-0.04010.064434.0442-27.574925.2326
42.27851.0623-1.3093.2848-2.9966.5737-0.0098-0.3043-0.1650.1036-0.0316-0.05770.12990.06860.04140.01670.0043-0.00020.07040.00270.028536.5603-51.13735.0584
50.70430.0671-0.20370.83430.07290.87-0.02740.20930.1818-0.21210.08220.1078-0.1373-0.1507-0.05480.1211-0.0159-0.03570.12160.08710.071626.9385-26.2534-11.4316
67.4244-6.87320.94896.3715-0.88340.1246-0.0924-0.07850.03120.09610.09870.003-0.018-0.0293-0.00630.12050.0312-0.00360.14430.02350.165911.2678-3.6972-1.436
70.6223-0.1380.08731.3316-0.68231.2580.09390.11490.1652-0.26570.02640.1455-0.0421-0.0759-0.12030.09950.00960.00230.06180.03660.072928.7869-25.8886-1.9562
81.0948-0.0546-0.29410.87650.14330.63040.04160.20960.1529-0.0941-0.02290.2187-0.1217-0.1761-0.01880.03580.0216-0.01880.07860.03220.081320.9617-36.73767.121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A22 - 176
2X-RAY DIFFRACTION2A177 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3A276 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4A404 - 425
5X-RAY DIFFRACTION5B22 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6B203 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7B216 - 313
8X-RAY DIFFRACTION8B314 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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