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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wb2 | |||||||||
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タイトル | Drosophila Melanogaster (6-4) Photolyase Bound To double stranded Dna containing a T(6-4)C Photolesion | |||||||||
要素 |
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キーワード | LYASE/DNA / LYASE-DNA COMPLEX / PHOTOLESION / DNA PHOTOLYASE / LYASE (リアーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Glas, A.F. / Schneider, S. / Maul, M.J. / Hennecke, U. / Carell, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2009 タイトル: Crystal Structure of the T(6-4)C Lesion in Complex with a (6-4) DNA Photolyase and Repair of Uv- Induced (6-4) and Dewar Photolesions. 著者: Glas, A.F. / Schneider, S. / Maul, M.J. / Hennecke, U. / Carell, T. #1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008 タイトル: Crystal Structure and Mechanism of a DNA (6-4) Photolyase. 著者: Maul, M.J. / Barends, T.R.M. / Glas, A.F. / Cryle, M.J. / Domratcheva, T. / Schneider, S. / Schlichting, I. / Carell, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wb2.cif.gz | 142.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wb2.ent.gz | 105.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wb2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3cvuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62910.137 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-520 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: DERIVED FROM PDEST007 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS (DE3) / 参照: UniProt: Q8SXK5, フォトリアーゼ |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4637.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 6-4 LINK BETWEEN T 8 AND C 8 (SEE REMARK 600) / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 化合物 | ChemComp-FAD / |
非ポリマーの詳細 | CHAIN C HETEROGENS 64P AND Z: RESIDUES DT 8 AND DC 9 HAVE FORMED A PHOTOPRODUCT BY THE COVALENT ...CHAIN C HETEROGENS |
配列の詳細 | CONSTRUCT CONTAINS RESIDUES 1-520 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PROTEIN WAS MIXED WITH DNA IN A 1:1.1 MOLAR RATIO WITH A FINAL CONCENTRATION OF 8.5MG/ML PROTEIN. 0.1M HEPES PH 7, 15-20% POLYETHYLENGLYCOL 4000, HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.076 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.076 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→45.8 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3CVU 解像度: 2.95→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 38.342 / SU ML: 0.337 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.264 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→45 Å
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拘束条件 |
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