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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wb1 | ||||||
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タイトル | The complete structure of the archaeal 13-subunit DNA-directed RNA Polymerase | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA-POLYMERASE / MULTI-SUBUNIT ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / protein dimerization activity ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / nucleic acid binding / molecular adaptor activity / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.52 Å | ||||||
データ登録者 | Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009 タイトル: Evolution of Complex RNA Polymerase: The Complete Archaeal RNA Polymerase Structure 著者: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wb1.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wb1.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wb1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99988, 0.0035, 0.01476), ベクター: |
-要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ... , 12種, 24分子 AWBRCYETFUGVHZIKJQLMNOPX
#1: タンパク質 | 分子量: 99766.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB53*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 127582.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB55*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 43779.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB54*PLUS #5: タンパク質 | 分子量: 20324.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB57*PLUS #6: タンパク質 | 分子量: 12822.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB58*PLUS #7: タンパク質 | 分子量: 15139.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB59*PLUS #8: タンパク質 | 分子量: 9688.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB60*PLUS #9: タンパク質 | 分子量: 10799.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB61*PLUS #10: タンパク質 | 分子量: 12170.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB65*PLUS #11: タンパク質 | 分子量: 10211.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB62*PLUS #12: タンパク質 | 分子量: 7617.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB63*PLUS #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5606.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB64*PLUS |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 DS
#4: タンパク質 | 分子量: 30179.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB56*PLUS |
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-非ポリマー , 3種, 14分子
#14: 化合物 | ChemComp-ZN / #15: 化合物 | #16: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 7MG/ML ENZYME, 150 MM KCL, 100MM SRCL2, 100MM CACODYLATE PH 6.5, 12% PEG MME 5K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.52→30.2 Å / Num. obs: 114084 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.52→3.62 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 62.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1EN0 1en0 解像度: 3.52→30.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 157.017 / SU ML: 1.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.986 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE REFINEMENT FOR THIS ENTRY HAS NOT BEEN FINALIZED AND THEREFORE IT MUST BE CONSIDERED AS A WORK IN PROGRESS. SEE PDB ENTRY 2WAQ FOR FULLY ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE REFINEMENT FOR THIS ENTRY HAS NOT BEEN FINALIZED AND THEREFORE IT MUST BE CONSIDERED AS A WORK IN PROGRESS. SEE PDB ENTRY 2WAQ FOR FULLY REFINED MODEL. THE B FACTOR REFINEMENT HAS BEEN INITIALLY DONE BY DOMAIN IN CNS THEN OVERALL IN REFMAC. FOR MORE DETAILS SEE REFERENCE PAPER AND PDB ENTRY 2WAQ REFINED STRUCTURE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 84.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.52→30.2 Å
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拘束条件 |
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