PDB-2vvd: Crystal structure of the receptor binding domain of the spike pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vvd

タイトル

Crystal structure of the receptor binding domain of the spike protein P1 from bacteriophage PM2

要素

SPIKE PROTEIN P1

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL RECEPTOR BINDING DOMAIN

機能・相同性

Jelly Rolls - #720 /

virion component / Jelly Rolls /

サンドイッチ / Mainly Beta / Spike protein P1

機能・相同性情報

生物種

PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Insights Into Virus Evolution and Membrane Biogenesis from the Structure of the Marine Lipid-Containing Bacteriophage Pm2.
著者: Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2008年6月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vvd.cif.gz	46.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vvd.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vveC 2vvfC 2w0cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g0o-d 3mqm-1 4p3a-5 5vna-4 3mqm-2 6bek-2 1bsn-d 1yh2-d 1vk5-d 4a1r-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SPIKE PROTEIN P1

ヘテロ分子

20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.645, 49.055, 72.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SPIKE PROTEIN P1 / P1-RECEPTOR BINDING PROTEIN 分子量: 20165.787 Da / 分子数: 1 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 159-335 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9XJR3
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FRAGMENT CLONED STARTS AT RESIDUE 159 AND STOPS AT 335

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 7.4MG/ML PROTEIN (IN 150MM NACL AND 20MM TRIS PH 7.5), 20%(W/V) PEG3350, 200MM CACL2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.97912,0.90499

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月22日 / 詳細: MIRRORS

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97912	1
2	0.90499	1

反射

解像度: 2.26→21.6 Å / Num. obs: 6935 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 46.5

反射シェル

解像度: 2.26→2.33 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 27.7 / % possible all: 52.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.26→21.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 5.422 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	369	5.4 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	6521	89.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→21.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1284	0	2	169	1455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.966	1.95	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.21	5	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.875	24.627	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.205	15	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.924	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	277
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.078	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.119	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.19	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.259	1.5	832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.455	2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.887	3	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.25	4.5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.32 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.235	12
R_work	0.16	261

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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