+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4p3a | ||||||
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Title | Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin | ||||||
Components | Complement C5Complement component 5 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / complement anaphylatoxin / C5a / four-helix bundle / GPCR agonist | ||||||
Function / homology | Function and homology information Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production ...Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / inflammatory response / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Yatime, L. / Schatz-Jakobsen, J.A. / Andersen, G.R. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2014 Title: Structural and functional characterization of human and murine C5a anaphylatoxins. Authors: Schatz-Jakobsen, J.A. / Yatime, L. / Larsen, C. / Petersen, S.V. / Klos, A. / Andersen, G.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4p3a.cif.gz | 138.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4p3a.ent.gz | 108.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4p3a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/4p3a | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4p39C 4p3bC 3cu7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Details | The biological unit is a monomer. There are 4 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C & D) |
-Components
#1: Protein | Mass: 9047.569 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 679-755 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: C5, Hc / Plasmid: pET32a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Shuffle T7 Express / References: UniProt: P06684 #2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 3.7 Details: 0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15 PH range: 3.5 - 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: MAX II / Beamline: I911-3 / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 25, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 68172 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.02 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 284826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3CU7 Resolution: 1.4→36.889 Å / FOM work R set: 0.9068 / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 15.83 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 65 Å2 / Biso mean: 20.19 Å2 / Biso min: 5.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.4→36.889 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25
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