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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vqs | ||||||
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タイトル | Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase | ||||||
要素 | DEOXYNUCLEOSIDE KINASEデオキシヌクレオシドキナーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS (DNA合成) / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION (酵素阻害剤) / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / SALVAGE PATHWAY (サルベージ経路) / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP (チミジン三リン酸) / KINASE (キナーゼ) / COMPLEX / DROSOPHILA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008 タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase. 著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vqs.cif.gz | 165.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vqs.ent.gz | 131.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vqs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/2vqs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.95, 0.01154, 0.312), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26906.707 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-BVD / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 19428 / % possible obs: 83.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 87.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1J90 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 19.985 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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