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万見
- PDB-2vp6: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vp6
タイトルStructural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase
要素DEOXYNUCLEOSIDE KINASEデオキシヌクレオシドキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS (DNA合成) / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION (酵素阻害剤) / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / SALVAGE PATHWAY (サルベージ経路) / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP (チミジン三リン酸) / KINASE (キナーゼ) / COMPLEX / DROSOPHILA
機能・相同性
機能・相同性情報


デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
デオキシヌクレオシドキナーゼ / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-FLUORO-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / デオキシヌクレオシドキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
履歴
登録2008年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
E: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
F: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
G: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
H: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,85625
ポリマ－215,2548
非ポリマー3,60217
水0
1
A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7867
ポリマ－53,8132
非ポリマー9735
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-26.7 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PQS
2
C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6906
ポリマ－53,8132
非ポリマー8764
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-25.9 kcal/mol
Surface area21540 Å2
手法PQS
3
E: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
F: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6906
ポリマ－53,8132
非ポリマー8764
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-31.5 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PQS
4
G: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
H: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6906
ポリマ－53,8132
非ポリマー8764
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-36.4 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.352, 70.714, 225.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRARGARGAA12 - 16312 - 163
21THRTHRARGARGBB12 - 16312 - 163
31THRTHRARGARGCC12 - 16312 - 163
41THRTHRARGARGDD12 - 16312 - 163
51THRTHRARGARGEE12 - 16312 - 163
61THRTHRARGARGFF12 - 16312 - 163
71THRTHRARGARGGG12 - 16312 - 163
81THRTHRARGARGHH12 - 16312 - 163
12PROPROTRPTRPAA176 - 190176 - 190
22PROPROTRPTRPBB176 - 190176 - 190
32PROPROTRPTRPCC176 - 190176 - 190
42PROPROTRPTRPDD176 - 190176 - 190
52PROPROTRPTRPEE176 - 190176 - 190
62PROPROTRPTRPFF176 - 190176 - 190
72PROPROTRPTRPGG176 - 190176 - 190
82PROPROTRPTRPHH176 - 190176 - 190
13CYSCYSASPASPAA200 - 208200 - 208
23CYSCYSASPASPBB200 - 208200 - 208
33CYSCYSASPASPCC200 - 208200 - 208
43CYSCYSASPASPDD200 - 208200 - 208
53CYSCYSASPASPEE200 - 208200 - 208
63CYSCYSASPASPFF200 - 208200 - 208
73CYSCYSASPASPGG200 - 208200 - 208
83CYSCYSASPASPHH200 - 208200 - 208

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9732, -0.1556, -0.1695), (-0.1562, -0.9877, 0.01017), (-0.169, 0.01657, -0.9855)
ベクター: 4.403, 2.653, 47.71)

-
要素

#1: タンパク質
DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / デオキシヌクレオシドキナーゼ / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / DM-DNK / MULTISPECIFIC DEOXYNUCLEOSIDE KINASE


分子量: 26906.707 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-5FU / 5-FLUORO-URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-フルオロ-5′-ウリジル酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 342.172 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O9P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9197
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9197 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 46314 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90


解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 20.949 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.477 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2232 5 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.257 42189 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-3.68 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12737 0 181 0 12918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02213209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3461.97117887
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27351531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17524.479634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.74152393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.511567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029823
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.25411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.28996
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4910.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.57863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.398212513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46636136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5214.55374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1443 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.040.05
2Btight positional0.040.05
3Ctight positional0.050.05
4Dtight positional0.050.05
5Etight positional0.040.05
6Ftight positional0.040.05
7Gtight positional0.050.05
8Htight positional0.050.05
1Atight thermal0.150.5
2Btight thermal0.080.5
3Ctight thermal0.090.5
4Dtight thermal0.110.5
5Etight thermal0.080.5
6Ftight thermal0.10.5
7Gtight thermal0.10.5
8Htight thermal0.150.5
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 184
Rwork0.322 3077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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