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万見
- PDB-2vp5: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vp5
タイトルStructural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase
要素DEOXYNUCLEOSIDE KINASEデオキシヌクレオシドキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS (DNA合成) / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION (酵素阻害剤) / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / SALVAGE PATHWAY (サルベージ経路) / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP (チミジン三リン酸) / KINASE (キナーゼ) / COMPLEX / DROSOPHILA
機能・相同性
機能・相同性情報


デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...デオキシヌクレオシドキナーゼ / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / nucleoside salvage / uridine kinase activity / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / thymidine kinase activity / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / cytidine kinase activity / DNA biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
デオキシヌクレオシドキナーゼ / Deoxynucleoside kinase domain / デオキシヌクレオシドキナーゼ / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシヌクレオシドキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.
履歴
登録2008年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4606
ポリマ－53,8132
非ポリマー6474
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.616, 62.550, 68.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHRAA18 - 15518 - 155
21THRTHRTHRTHRBB18 - 15518 - 155
12LEULEUTRPTRPAA177 - 190177 - 190
22LEULEUTRPTRPBB177 - 190177 - 190
13CYSCYSASPASPAA200 - 208200 - 208
23CYSCYSASPASPBB200 - 208200 - 208

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9961, 0.002871, -0.08772), (-0.01207, -0.9945, 0.1045), (-0.08693, 0.1052, 0.9906)
ベクター: 152.5, 29.85, 5.175)

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要素

#1: タンパク質 DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / デオキシヌクレオシドキナーゼ / DM-DNK / MULTISPECIFIC DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE


分子量: 26906.707 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q9XZT6, デオキシヌクレオシドキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DCZ / 2'-DEOXYCYTIDINE / デオキシシチジン / デオキシシチジン


タイプ: DNA OH 5 prime terminus / 分子量: 227.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.975501
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975501 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22045 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90


解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.292 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1195 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.236 22043 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.39 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 0 42 120 3297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.974395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5665373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00324160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11715599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6821522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.51938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20323060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47531514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3864.51335
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1344 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.040.05
tight thermal1.510.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 74
Rwork0.282 1421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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