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- PDB-2vh1: Crystal structure of bacterial cell division protein FtsQ from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vh1
タイトルCrystal structure of bacterial cell division protein FtsQ from E.coli
要素CELL DIVISION PROTEIN FTSQ細胞分裂
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / FTSQ / POTRA / MEMBRANE (生体膜) / SEPTATION / CELL DIVISION (細胞分裂) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / INNER MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


FtsQBL complex / divisome complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / 細胞分裂 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsQ/DivIB / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. ...Cell division protein FtsQ/DivIB / Cell division protein FtsQ, C-terminal / Cell division protein FtsQ / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / Cell division protein FtsQ/DivIB, C-terminal / POTRA domain, FtsQ-type / membrane protein fhac / POTRA domain / POTRA domain profile. / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein FtsQ
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者van den Ent, F. / Vinkenvleugel, T. / Ind, A. / West, P. / Veprintsev, D. / Naninga, N. / den Blaauwen, T. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Structural and Mutational Analysis of Cell Division Protein Ftsq
著者: van den Ent, F. / Vinkenvleugel, T. / Ind, A. / West, P. / Veprintsev, D. / Naninga, N. / den Blaauwen, T. / Lowe, J.
履歴
登録2007年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation_author / entity_src_gen
Item: _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ
B: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5932
ポリマ－50,5932
非ポリマー00
水0
1
A: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2971
ポリマ－25,2971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELL DIVISION PROTEIN FTSQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2971
ポリマ－25,2971
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)147.844, 147.844, 69.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTYRTYRAA58 - 1262 - 70
21SERSERTYRTYRBB58 - 1262 - 70
12PROPROALAALAAA128 - 25772 - 201
22PROPROALAALABB128 - 25772 - 201

NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (0.6), (0.689, -0.725) / ベクター: 10)

-
要素

#1: タンパク質 CELL DIVISION PROTEIN FTSQ / 細胞分裂 / FTSQ


分子量: 25296.633 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 58-276 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PHIS17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P06136

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 33 MM N-OCTYL-B-D-GLUCOSIDE, 50 MM TRIS PH8.5, 8% PEG550MME, 8% PEG20K, 1.2 M NAFORMATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9392
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9392 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 21005 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→36.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 24.332 / SU ML: 0.242 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1456 6.2 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.24 21937 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å2-0.5 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3---1.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3234 0 0 0 3234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.9584466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8955396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04923.902164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.61215593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4441531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.21246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.22147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6563.52041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01243221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06851428
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.666.51245
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1571 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.990.5
medium thermal0.622
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.454 153
Rwork0.41 1610
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.0511-2.4761-2.32993.0505-0.81871.11270.12950.62520.2385-0.0901-0.1533-0.2891-0.47610.03190.0239-0.1680.06560.0004-0.0293-0.0466-0.542677.611543.18552.3636
219.81852.1437-2.45792.2327-1.32750.8681-0.00660.7956-0.3266-0.0590.30360.5747-0.31910.0841-0.297-0.03670.22490.0405-0.10290.0229-0.336651.983142.245755.0756
316.4098-3.85114.479114.2016-7.01499.5045-0.07251.0688-0.4817-0.2265-0.27411.46-0.674-0.48490.3467-0.26380.2360.1489-0.0740.1124-0.0340.014942.765257.5379
48.9845-2.83231.68868.7571-2.58986.39140.16420.515-0.9409-0.3225-0.16690.97020.3556-0.00240.0027-0.21160.17510.059-0.03940.05720.296828.041444.13853.7109
510.4566-3.65590.638713.1788-2.98881.385-0.6101-0.9546-1.09371.0217-0.01381.12060.14820.28430.6239-0.05350.00910.19120.2563-0.0480.1135-26.517862.936383.4464
615.1172-8.0336-5.84428.19172.53332.8245-0.0919-0.74710.13920.70290.03590.34150.31950.22840.0559-0.2559-0.05420.0990.0148-0.0756-0.1318-25.12969.047679.5083
711.2256-2.8522-4.21784.8092.46127.9484-0.2953-0.5103-0.94830.47420.08970.14350.6113-0.96180.2057-0.30240.06530.0303-0.10510.0608-0.0897-5.577256.739368.5644
813.0667-4.2816-2.53624.8103-4.688711.9845-0.20540.1238-1.96880.15660.2299-0.62981.32320.3452-0.0245-0.35550.17610.1101-0.1893-0.00550.15295.598453.097763.8722
912.1806-2.6192-0.38971.97353.5158.36090.08980.8153-1.65210.6492-0.0861-0.57211.51190.7417-0.00370.05230.20020.12710.112-0.12370.413411.644547.022155.0391
105.87911.1131-2.78517.4989-8.570611.17540.3161-0.4712-0.93881.3176-0.77170.56870.33290.77850.4556-0.26530.1740.1259-0.09960.10760.411716.996746.403360.9666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3A185 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4A207 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5B58 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6B85 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7B134 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8B185 - 203
9X-RAY DIFFRACTION9B207 - 237
10X-RAY DIFFRACTION10B241 - 259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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