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- PDB-2ve8: Xray structure of FtsK gamma domain (P. aeruginosa) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ve8
タイトルXray structure of FtsK gamma domain (P. aeruginosa)
要素DNA TRANSLOCASE FTSK
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NUCLEOTIDE-BINDING / CHROMOSOME PARTITION / ATP-BINDING / DNA-BINDING / TRANSLOCASE (輸送酵素) / WINGED HELIX / BACTERIAL CELL DIVISION / CELL DIVISION (細胞分裂) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / INNER MEMBRANE / FTSZ (FtsZ) / FTSK / MEMBRANE (生体膜) / CELL CYCLE (細胞周期) / DNA BINDING (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to antibiotic / chromosome segregation / 細胞分裂 / DNA binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. ...FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA translocase FtsK
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lowe, J. / Allen, M.A. / Sherratt, D.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Molecular Mechanism of Sequence-Directed DNA Loading and Translocation by Ftsk.
著者: Lowe, J. / Ellonen, A. / Allen, M.D. / Atkinson, C. / Sherratt, D.J. / Grainge, I.
履歴
登録2007年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Advisory / Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TRANSLOCASE FTSK
B: DNA TRANSLOCASE FTSK
C: DNA TRANSLOCASE FTSK
D: DNA TRANSLOCASE FTSK
E: DNA TRANSLOCASE FTSK
F: DNA TRANSLOCASE FTSK
G: DNA TRANSLOCASE FTSK
H: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4878
ポリマ－63,4878
非ポリマー00
水11,908661
1
A: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9361
ポリマ－7,9361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.494, 58.496, 95.408
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA TRANSLOCASE FTSK / FTSK


分子量: 7935.923 Da / 分子数: 8 / 断片: GAMMA DOMAIN, RESIDUES 739-811 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0M3
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 21 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 95599 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J5O

2j5o


解像度: 1.4→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.963 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 4842 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.146 91374 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20.02 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3972 0 0 661 4633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0224018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3321.985421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1935506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49922.308182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.60115718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.361558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1710.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.023050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.22109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.22933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2680.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4361.52667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.19824165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.11231514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8464.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 376
Rwork0.174 6736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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