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- PDB-2v8p: IspE in complex with ADP and CDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v8p
タイトルIspE in complex with ADP and CDP
要素4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2C-METHYL-D- ERYTHRITOL / AQUIFEX AEOLICUS / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPRENE BIOSYNTHESIS / KINASE (キナーゼ) / ATP-BINDING / NON-MEVALONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / リン酸化 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits ...4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol kinase / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / 4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sgraja, T. / Alphey, M.S. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Characterization of Aquifex Aeolicus 4-Diphosphocytidyl-2C-Methyl-D-Erythritol Kinase -Ligand Recognition in a Template for Antimicrobial Drug Discovery.
著者: Sgraja, T. / Alphey, M.S. / Ghilagaber, S. / Marquez, R. / Robertson, M.N. / Hemmings, J.L. / Lauw, S. / Rohdich, F. / Bacher, A. / Eisenreich, W. / Illarionova, V. / Hunter, W.N.
履歴
登録2007年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年8月21日ID: 2V2Y
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
B: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,31712
ポリマ－60,2012
非ポリマー2,11610
水8,899494
1
A: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1586
ポリマ－30,1001
非ポリマー1,0585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1586
ポリマ－30,1001
非ポリマー1,0585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)137.055, 137.055, 137.055
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1272-

SO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.839396, -0.22847, 0.493169), (-0.248429, -0.645757, -0.721998), (0.483422, -0.72856, 0.485287)
ベクター: 211.642, 79.538, -30.757)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-DIPHOSPHOCYTIDYL-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE / 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase / CMK / 4-(CYTIDINE-5'-DIPHOSPHO)-2-C-METHYL-D-ERYTHRITOL KINASE


分子量: 30100.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AQUIFEX AEOLICUS (バクテリア) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O67060, 4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol kinase

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非ポリマー , 5種, 504分子

#2: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP / シチジン二リン酸


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
解説: STRUCTURE SOLVED USING MOLECULAR REPLACEMENT FROM A LOW RESOLUTION SAD STRUCTURE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 0.2 M NACL AND 1.5 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→39.56 Å / Num. obs: 49729 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.355 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2518 5.1 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.211 47211 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4243 0 126 494 4863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1862.0266516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3465600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86924.19210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53615841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7561533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4821.52941
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84624626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.02332089
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6564.51883
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 160
Rwork0.283 3195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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