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- PDB-4ofx: Crystal Structure of a Putative Cystathionine beta-Synthase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofx
タイトルCrystal Structure of a Putative Cystathionine beta-Synthase from Coxiella burnetii
要素Cystathionine beta-synthaseCystathionine beta synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / structural genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine beta-synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / pyridoxal phosphate binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystathionine beta-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative Cystathionine beta-Synthase from Coxiella burnetii
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6693
ポリマ－34,6231
非ポリマー462
水4,486249
1
A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine beta-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,3376
ポリマ－69,2452
非ポリマー924
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.171, 99.739, 42.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-646-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase / Cystathionine beta synthase


分子量: 34622.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: CBU_2024 / プラスミド: pMCSG28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q83A84, cystathionine beta-synthase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3350, 0.05 M sodium chloride, 0.1 M Tris, 2% ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月11日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.736→30 Å / Num. all: 29333 / Num. obs: 29333 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 29.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.736-1.784.10.65413131.023187.2
1.78-1.814.60.55414021.028197.4
1.81-1.854.80.514471.028197.5
1.85-1.894.70.42414381.026197.7
1.89-1.934.50.30414321.01197.7
1.93-1.974.70.26814511.031198
1.97-2.024.70.17414541.018198.2
2.02-2.074.70.13814551.012198.2
2.07-2.144.70.11414851.03198.1
2.14-2.24.70.0914491.016198.8
2.2-2.284.30.09614701.013197.4
2.28-2.374.60.06114711.021198.2
2.37-2.484.70.04914701.02199.1
2.48-2.614.70.04414741.026198.9
2.61-2.784.70.03614881.01198.8
2.78-2.994.60.03414951.021199.2
2.99-3.294.60.03515321.018199.3
3.29-3.774.50.0315121.012199.3
3.77-4.744.50.02215571.015199.4
4.74-304.20.01715381.011193.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
MrBump/MolRep位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M54

1m54


解像度: 1.74→21.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9383 / SU R Cruickshank DPI: 0.123 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.132 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.119 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 1475 5.08 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
all0.1969 29333 --
obs0.1969 29035 96.59 %-
原子変位パラメータBiso max: 150.92 Å2 / Biso mean: 39.68 Å2 / Biso min: 15.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.086 Å20 Å20 Å2
2---1.707 Å20 Å2
3---1.793 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.267 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→21.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 2 249 2433
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1079SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes60HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes326HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2259HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion304SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2923SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2259HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3054HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.36
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.59
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 153 5.88 %
Rwork0.2297 2450 -
all0.23 2603 -
obs--96.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1863-0.23490.2390.28670.16820.6099-0.05210.02850.0585-0.0602-0.0234-0.07030.04480.12010.0755-0.06080.00540.0012-0.09670.01580.028941.456848.562931.5923
24.599-5.5952-1.91921.4769-0.62562.2895-0.06890.4956-0.341-0.53640.1264-0.19190.42310.0165-0.05750.202-0.03890.0301-0.0707-0.0390.069734.408823.547330.6501
31.3836-2.58110.33679.0206-2.00992.07260.074-0.02120.06860.12-0.1121-0.4070.07040.03120.0381-0.06230.00870.0182-0.1330.02590.014633.582429.962641.1526
40-0.54041.03067.39870.0912.4427-0.0215-0.0696-0.040.86410.1043-0.43030.09480.2409-0.0828-0.00450.019-0.0378-0.11170.0313-0.081835.110535.124451.2592
502.46483.0043.08822.64061.64530.0003-0.2494-0.01180.29380.0891-0.3436-0.30760.17-0.08950.1704-0.0501-0.19790.04340.08710.071441.567826.434454.1163
67.8975-1.81313.56.0808-3.4511.9927-0.2004-0.0497-0.0811-0.06080.0104-0.3021-0.07740.50840.19-0.24720.018-0.0048-0.32740.0222-0.177837.420919.749345.2745
73.987-0.24112.22885.29321.1023.8945-0.02290.2316-0.6598-0.03770.0627-0.0780.43090.1027-0.0398-0.12080.03830.0598-0.1424-0.0166-0.019149.065441.233626.9132
84.147-2.29375.54729.8640.05381.12970.02140.2487-0.30320.07850.2196-0.27920.58060.1451-0.241-0.08810.1267-0.0169-0.0803-0.07790.103553.86538.531426.1622
92.2912-0.0286-0.54293.16032.06392.6458-0.0558-0.06-0.25780.53760.3967-0.58530.6330.885-0.34090.03350.2014-0.10090.0025-0.02240.098158.72442.016137.4083
101.7584-0.90520.35991.0478-0.0182.7648-0.0172-0.26320.17250.26420.057-0.23310.13370.2418-0.0398-0.05520.0144-0.0467-0.07360.00780.022150.000854.858643.899
115.2652-0.1139-2.27813.7447-1.26555.4538-0.070.2040.3566-0.1844-0.1037-0.7099-0.01970.55790.1737-0.15550.00830.0092-0.03860.06540.13558.908754.529729.7052
120.87150.29820.57611.24230.81764.56420.0911-0.24050.00060.2485-0.0662-0.09350.1052-0.1146-0.0249-0.0398-0.0091-0.0387-0.09020.0073-0.025843.645852.979451.7851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|1 - 50}A1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2{A|51 - 61}A51 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3{A|62 - 88}A62 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4{A|89 - 112}A89 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5{A|113 - 128}A113 - 128
6X-RAY DIFFRACTION6{A|129 - 146}A129 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7{A|150 - 181}A150 - 181
8X-RAY DIFFRACTION8{A|182 - 196}A182 - 196
9X-RAY DIFFRACTION9{A|197 - 243}A197 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10{A|244 - 277}A244 - 277
11X-RAY DIFFRACTION11{A|278 - 292}A278 - 292
12X-RAY DIFFRACTION12{A|293 - 316}A293 - 316

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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