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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v7e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of coactivator-associated arginine methyltransferase 1 (CARM1), unliganded | ||||||
要素 | HISTONE-ARGININE METHYLTRANSFERASE CARM1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ARGININE METHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-METHIONINE (S-アデノシルメチオニン) / TRANSCRIPTION REGULATION / HISTONE MODIFICATION (ヒストン) / CO- ACTIVATOR / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / CHROMATIN REGULATOR / NUCLEUS (細胞核) / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / Cytoprotection by HMOX1 / protein methyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / protein-arginine N-methyltransferase activity / replication fork reversal / histone methyltransferase activity / nuclear replication fork / positive regulation of fat cell differentiation / intracellular estrogen receptor signaling pathway / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / response to cAMP / nuclear receptor coactivator activity / lysine-acetylated histone binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / メチル化 / cell population proliferation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Yue, W.W. / Hassler, M. / Roe, S.M. / Thompson-Vale, V. / Pearl, L.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2007 タイトル: Insights Into Histone Code Syntax from Structural and Biochemical Studies of Carm1 Methyltransferase 著者: Yue, W.W. / Hassler, M. / Roe, S.M. / Thompson-Vale, V. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v7e.cif.gz | 138.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v7e.ent.gz | 108.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v7e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39104.582 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 147-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PFASTBAC-HTA / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9WVG6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | RESIDUES 145 AND 146 OF CHAINS A AND B ARE VECTOR-DERIVED SEQUENCE (VECTOR USED IS PFASTBAC-HTA). | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.99 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.6M DI-AMMONIUM HYDROGENPHOSPHATE, 100MM HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9776 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2005年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 19941 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ORI 解像度: 2.7→30.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 30.831 / SU ML: 0.31 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY. CRYOBUFFER CONTAINS 1MM EMP. 3 PARTIALLY- DISORDERED HG ATOMS WITH LOW OCCUPANCY (< 0.5) WERE FOUND CLOSE TO CYS194 CHAIN B, CYS439 CHAIN A AND CYS421 CHAIN A.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30.69 Å
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拘束条件 |
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