+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2tps | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
要素 | PROTEIN (THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE) | ||||||
キーワード | THIAMIN BIOSYNTHESIS / TIM BARREL (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Chiu, H.-J. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of thiamin phosphate synthase from Bacillus subtilis at 1.25 A resolution. 著者: Chiu, H.J. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2tps.cif.gz | 165.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2tps.ent.gz | 126.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2tps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/2tps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tp/2tps | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999757, -0.021512, 0.004717), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24312.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: DE3 / 参照: UniProt: P39594, thiamine phosphate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT PART OF THE SWISS-PROT DATABASE ENTRY FOR CHAINS A & B: HIS9, HIS10, ...THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT PART OF THE SWISS-PROT DATABASE ENTRY FOR CHAINS A & B: HIS9, HIS10, GLY11, ILE12, ARG13. | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 75 MM TRIS-HCL, PH 7.5 21-22% PEG4000 75 MM MGCL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9795,0.9792,0.9677 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.25→30 Å / Num. obs: 94169 / % possible obs: 81.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 6.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.219 / % possible all: 48.5 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.062 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 48.5 % / Rmerge(I) obs: 0.219 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.25→8 Å / Num. parameters: 18915 / Num. restraintsaints: 18840 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED WITH X-PLOR AND FOLLOWED BY SHELXL
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 9 / Occupancy sum non hydrogen: 3962.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|