[日本語] English
万見
- PDB-2rnx: The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rnx
タイトルThe Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the HUman Transcriptional Co-Activators PCAF and CBP
要素
  • Histone H3ヒストンH3
  • Histone acetyltransferase PCAF
キーワードTRANSFERASE/NUCLEAR PROTEIN / Bromodomain (ブロモドメイン) / Histone (ヒストン) / Acetyltransferase / Acyltransferase (アシルトランスフェラーゼ) / Cell cycle (細胞周期) / Host-virus interaction / Nucleus (Nucleus) / Polymorphism / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Acetylation (アセチル化) / Chromosomal protein (染色体) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / DNA-binding / Methylation (メチル化) / Nucleosome core / Phosphoprotein / TRANSFERASE-NUCLEAR PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of protein ADP-ribosylation / negative regulation of rRNA processing / histone H3K9 acetyltransferase activity / global genome nucleotide-excision repair / diamine N-acetyltransferase / RNA polymerase I upstream activating factor complex / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of protein ADP-ribosylation / negative regulation of rRNA processing / histone H3K9 acetyltransferase activity / global genome nucleotide-excision repair / diamine N-acetyltransferase / RNA polymerase I upstream activating factor complex / diamine N-acetyltransferase activity / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / negative regulation of centriole replication / Physiological factors / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / peptidyl-lysine acetylation / lysine N-acetyltransferase activity, acting on acetyl phosphate as donor / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / ミオフィラメント / histone H3 acetyltransferase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / replication fork protection complex / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ATAC complex / I band / cellular response to parathyroid hormone stimulus / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / SAGA complex / RUNX3 regulates NOTCH signaling / limb development / A band / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / regulation of tubulin deacetylation / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / histone acetyltransferase binding / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / acetyltransferase activity / RNA Polymerase I Transcription Initiation / rRNA transcription / regulation of RNA splicing / regulation of embryonic development / regulation of DNA repair / CENP-A containing nucleosome / histone acetyltransferase activity / positive regulation of gluconeogenesis / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of glycolytic process / 糖新生 / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / 紡錘体 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Metalloprotease DUBs / 動原体 / 記憶 / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / positive regulation of neuron projection development / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / structural constituent of chromatin / vasodilation / ヌクレオソーム / rhythmic process / cellular response to oxidative stress / chromatin organization / heart development / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / 中心体 / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. ...PCAF, N-terminal / Histone acetyltransferase GCN5/PCAF / PCAF (P300/CBP-associated factor) N-terminal domain / Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Bromodomain-like / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH3 / Histone acetyltransferase KAT2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Zeng, L. / Zhang, Q. / Gerona-Navarro, G. / Zhou, M.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of Site-Specific Histone Recognition by the Bromodomains of Human Coactivators PCAF and CBP/p300
著者: Zeng, L. / Zhang, Q. / Gerona-Navarro, G. / Moshkina, N. / Zhou, M.M.
履歴
登録2008年2月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase PCAF
B: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5592
ポリマ－15,5592
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase PCAF / P300/CBP-associated factor / P/CAF / Histone acetylase PCAF


分子量: 14052.226 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 719-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92831, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3 / ヒストンH3


分子量: 1506.771 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-43 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61830

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: potassium phosphate / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX5002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA2.1Linge, O' Donoghue and Nilgesデータ解析
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る