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- PDB-2r6o: Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiestera... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2r6o | ||||||
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Title | Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase from Thiobacillus denitrificans | ||||||
![]() | Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) | ||||||
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Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insight into the mechanism of c-di-GMP hydrolysis by EAL domain phosphodiesterases. Authors: Tchigvintsev, A. / Xu, X. / Singer, A. / Chang, C. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Cui, H. / Flick, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Galperin, M.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 97.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32876.148 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Residues 487-758 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.93 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: CUSTOM-MADE / Detector: CCD / Date: Aug 13, 2007 |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. all: 51848 / Num. obs: 50452 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 39.67 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique all: 4585 / % possible all: 90.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.8 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→27.7 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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