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- PDB-1ms0: Monoclinic form of Trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ms0 | |||||||||
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Title | Monoclinic form of Trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-N-acetylneuraminic acid (DANA)and lactose | |||||||||
![]() | trans-sialidase | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis Authors: Buschiazzo, A. / Amaya, M.F. / Cremona, M.L. / Frasch, A.C. / Alzari, P.M. | |||||||||
History |
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Remark 999 | sequence Author indicates that the sequence in the database is incorrect |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 261.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 215.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1mr5C ![]() 1ms1C ![]() 1ms3C ![]() 1ms4C ![]() 1ms5C ![]() 1ms8C ![]() 1ms9C ![]() 1mz5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 71389.258 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: enzymatic globular core / Mutation: N58F,S495K,V496G,E520K,D593G,I597D,H599R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q26964, UniProt: Q26966*PLUS, ![]() #2: Polysaccharide | #3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: PEG 4000, TrisHCl, isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS pH: 8 / Method: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Mar 11, 2002 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.5→20 Å / Num. all: 66109 / Num. obs: 66109 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.103 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.54 Å / Rsym value: 0.471 / % possible all: 96.5 |
Reflection | *PLUS Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: pdb id 1MZ5 Resolution: 2.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.571 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.563 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 15 Å / Num. reflection obs: 49558 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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