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- PDB-2qu1: Crystal Structure of a Cyclized GFP Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qu1
タイトルCrystal Structure of a Cyclized GFP Variant
要素Green fluorescent protein緑色蛍光タンパク質
キーワードLUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / Protein Expression Testing / Pipeline Development / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG / Chromophore (発色団) / Luminescence (ルミネセンス) / Photoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
緑色蛍光タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bailey, L.J. / McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Cyclized GFP Variant.
著者: Bailey, L.J. / McCoy, J.G. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Fox, B.G. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2007年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2942
ポリマ－27,2541
非ポリマー401
水6,792377
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.460, 61.990, 70.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 27253.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pVP62K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: P42212
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution (4.95 mg/ml Protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (0.080 M Calcium chloride, 15% PEG 4000, 0.1 ...詳細: Protein solution (4.95 mg/ml Protein, 0.050 M Sodium chloride, 0.0003 M TCEP, 0.005 M Bis-Tris pH 7.0) mixed in a 1:1 ratio with the Well solution (0.080 M Calcium chloride, 15% PEG 4000, 0.1 M HEPPS pH 8.5) and cryoprotected with well solution supplemented with 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM-R / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日 / 詳細: MONTEL OPTICS
放射モノクロメーター: Graded Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→70.2 Å / Num. obs: 25086 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 29.45 % / Rmerge(I) obs: 0.0976 / Net I/σ(I): 28.27
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique all% possible all
1.7-1.755.420.68342.93200096.8
1.75-1.87.060.64313.67177396
1.8-1.858.650.57064.54160496.5
1.85-1.910.560.48125.62144197.4
1.9-1.9513.050.41226.88132298.9
1.95-2.0517.260.32419.312310100
2.05-2.1520.670.266412.051908100
2.15-2.2524.210.225315.311578100
2.25-2.3528.570.196118.91331100
2.35-2.533.40.162423.731621100
2.5-2.6539.330.137430.41275100
2.65-2.948.090.11739.181591100
2.9-3.256.620.088756.241324100
3.2-3.760.910.076274.821373100
3.7-4.7566.140.0545100.391347100
4.75-70.270.280.048498.21128899.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.38 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.639
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å46.41 Å
Translation3 Å46.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SAINTデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G6E

2g6e


解像度: 1.7→46.424 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.19 / WRfactor Rwork: 0.141 / SU B: 2.492 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1276 5.098 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.171 25028 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 12.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.312 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.108 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.424 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 1 377 2293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9672681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.29325.42694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.05815350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.385156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021511
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2867
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21314
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1940.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8661.51224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28521937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2913845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.524.5733
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.7440.323810.2461701183197.324
1.744-1.7920.301930.2261626179395.873
1.792-1.8440.273750.2151603174496.216
1.844-1.90.241650.21584169497.344
1.9-1.9630.204830.1831540163999.024
1.963-2.0310.199820.16314971579100
2.031-2.1080.26940.16114491543100
2.108-2.1940.189730.16514251498100
2.194-2.2910.189680.16113571425100
2.291-2.4030.22790.17112911370100
2.403-2.5320.206750.16512271302100
2.532-2.6850.204820.16511651247100
2.685-2.870.292490.16111101159100
2.87-3.0990.21610.15310381099100
3.099-3.3930.216520.144945997100
3.393-3.7910.179420.13388092699.568
3.791-4.3730.161370.131785822100
4.373-5.3440.175410.134669710100
5.344-7.5080.296290.20453256299.822
7.508-46.4240.24150.20332834699.133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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